不仅仅满足于维持地方秩序，更将目光投向了更为复杂敏感的司法领域，决心纠正那些扭曲的司法判决，为无辜者申冤。
安陆冤狱，是郑士元司法生涯中的一个标志性案例。此案涉及当地一名士绅，因被诬告涉嫌谋逆，整个家族遭受牵连，面临灭顶之灾。在那个“文字狱”频发、人人自危的时代，这类案件往往容易被草率定性，一旦背上“谋逆”的罪名，几乎等同于判了死刑，难以翻案。然而，郑士元在接获此案件的申诉后，没有轻信既有的指控，而是秉持着严谨的治学态度和公正无私的审判原则，亲自带领手下人马，重新审视案卷，细致入微地进行实地调查。
调查过程中，郑士元发现诸多疑点，证词矛盾，证据不足，种种迹象表明这是一起人为构陷的冤案。面对重重阻力，包括来自御史台某些官员的压力——他们或是出于私心，或是为保全颜面，不愿承认错误——郑士元并没有退缩，他坚信“天理昭昭，法网恢恢”，坚持将调查结果上报，并公开呼吁重新审理，力求还原事实真相。
郑士元的坚持与努力最终得到了回报。经过反复核查，以及他对案件细节的深入剖析，安陆冤狱的真相逐渐浮出水面，被诬陷的士绅及其家族成员得以洗刷冤屈，重获自由。这次成功的平反，不仅为受害者带来了迟到的正义，也在一定程度上震慑了那些滥用职权、制造冤案的官员，极大地提升了民众对于司法公正的信心。
三、空印案：清官的陨落
在明朝洪武年间，一场震惊朝野的“空印案”给当时的政治环境带来了深远的影响。这一事件不仅触怒了明太祖朱元璋，更使得许多无辜的官员，包括一些清正廉洁的官员，遭受了牵连与打击。其中，郑士元及其家族的遭遇，便是这一悲剧的缩影。
事件背景：
明朝时期，每年各布政司、府、县都要向户部呈送钱粮及财政收支、税款账目。由于路途遥远和运输损耗，账册与实物往往难以完全相符。为了避免因小错而往返奔波，一些官员采取了预先携带盖有官印的空白文册的做法，以备在户部核对时进行修改。这种做法在当时虽未明令禁止，但却引起了朱元璋的极大不满。
事件经过：
当朱元璋发现这一“空印”现象后，他愤怒地认为