这是官员们相互勾结、舞弊欺瞒的行为。他下令严厉惩处涉及此案的官员，主印官员被处死，副手以下则被杖责一百并充军。
在这场风波中，郑士元虽未直接参与空印行为，但因其清廉正直，受到了株连。他被投入监狱，度过了漫长而艰难的日子。出狱后，他本以为可以远离是非，重归平静。然而，其弟郑士利为了替兄鸣冤，上书解释空印案的实情。然而，这一举动并未得到朱元璋的谅解，反而激起了他的不满。郑士元因此再次被贬谪，贬作江浦，从事苦役。
四、历史的反思：清官与皇权的碰撞
郑士元的故事，映射出了明初政治生态的复杂性。朱元璋出身草莽，建立明朝后，为了巩固皇权，对官僚体系实施了严格的控制与惩罚机制，旨在根除腐败，但同时也制造了一系列冤案，造成了人才的大量损耗。郑士元之死，是明初反腐运动的一个悲剧注脚，它不仅暴露了皇权独断下的司法不公，也反映了那个时代清官在维护正义与遵循皇命之间的艰难抉择。
结语
郑士元的一生，是才华与正直交织的传奇，也是理想与现实冲突的悲剧。他的故事，如同一面镜子，映照出历史深处的光明与阴暗，警示后人：在权力的游戏中，保持清正廉洁的品质何其不易，但即便结局悲壮，其精神仍能穿越时空，成为后世追求公正与真理的不灭灯塔。郑士元虽已逝去，但他的名字，以及他所代表的那份不屈不挠的正气，将永远镌刻在历史的丰碑之上。