职，对敢于上疏请求保留刘健、谢迁等正直大臣的给事中吕翀、刘郤等六人施以杖刑，同时，还杖责了御史薄彦徽等十五人，以此达到杀鸡儆猴的目的。连远在南京的官员，如武靖伯赵承庆、府尹陆珩、尚书林瀚等，只要与反对他的奏疏有关联，皆难逃惩罚，或是被逼辞职，或是削减俸禄。更有甚者，南京的几位官员，如副都御史陈春、御史陈琳、王良臣，以及主事王守仁，因救助戴铣等人而遭到贬职或杖责。
刘瑾的暴虐不仅仅体现在对官员的个人打击上，他更编织了一张密不透风的监视网，派遣校尉到全国各地秘密侦查，任何微小的不满或异动都逃不过他的眼睛。他禁止官员之间相互救援，使得朝野上下人人自危，不敢发声。同时，刘瑾利用手中的权力，大肆提拔亲信至边疆重镇，进一步巩固了自己的势力范围。在论功行赏时，他滥用职权，随意提升官校，甚至假借皇帝之名，赐予数百人锦衣官职，无视制度，妄自尊大。
此外，刘瑾还通过篡改文化成果来栽赃陷害。在《通鉴纂要》完成后，他无端指责翰林编修官工作不力，导致众人受罚。而对那些依附于他的文华殿书办官张骏等人，则给予越级提拔，即便是装潢工匠这样的底层人员也被破格授官，这种颠倒黑白、混淆视听的行为，进一步加剧了朝政的混乱。
刘瑾还发明了一种残酷的惩罚方式——特制的重枷，以此来折磨那些稍有微词的官员，如给事中吉时、御史王时中等，许多人被折磨至濒死才被解下枷锁，有的甚至直接死于枷锁之下。锦衣卫监狱因关押过多的囚犯而拥挤不堪，任何试图对囚犯表示同情的官员，如锦衣卫佥事牟斌，也遭到严厉的惩罚。刘瑾的残暴还体现在他对进谏者的无情打压，如府丞周玺、五官 监 候 杨源皆因直言进谏而被杖毙。
在处理朝政事务时，刘瑾更是狡猾地选择在武宗沉浸于玩乐时奏事，利用武宗的厌烦情绪，快速决策，使得许多决定未经深思熟虑便付诸实施。久而久之，武宗也对频繁的政务干预感到厌倦，一句“我用你干什么？别来打扰我！”无意间给予了刘瑾更大的独断空间，使其得以在没有皇帝直接监督的情况下，更加肆意妄为，独揽大权。
五、党同伐异
正德二年（1507年）三月，明朝的朝政经历了一