因不顺从或被诬陷，遭到撤职或 中 伤 ；对边防仓储进行所谓的审查，实则是借机打压异己，众多官员因此身陷囹圄，甚至命丧牢中。他还通过创立“罚米法”，对所有曾得罪过他的人进行报复，迫使他们缴纳巨额罚款以补充边疆粮食，导致多人家破人亡。
正德三年（1508年）夏，一封匿名信件控诉刘瑾的种种恶行，触发了一场惊心动魄的政治风暴。刘瑾借皇帝之名，召集百官跪于奉天门下，企图以高压手段震慑反对者，导致多名低级官员无辜被捕，更有数人因酷暑折磨而死。这场闹剧最终因大学士李东阳的介入和匿名信来源的澄清而告一段落，但已造成人心惶惶，朝野震动。刘瑾在此期间还设立了臭名昭着的“内行厂”，其手段之残忍，连东厂、西厂也望尘莫及，京城内外一片恐慌，社会秩序濒临崩溃边缘。
刘瑾身边聚集了一众党羽，如内阁的焦芳、刘宇，六部尚书中的张彩、曹元等，他们沆瀣一气，共同维护刘瑾的专制统治。刘瑾还擅自更改制度，要求巡抚必须进京领受敕令，实则借机索贿。边防将领的升迁与否，完全取决于是否向刘瑾行贿，甚至有违法者因贿赂而逃脱惩罚，甚至获得晋升。他指使党羽在各地丈量土地，严苛剥削，激起了边防军的反抗。此外，刘瑾还滥用职权，调整科举名额，以恩宠亲信、打击政敌，完全不顾国家选才的原则。
在刘瑾的统治下，国家法律成了他手中随意揉捏的工具，刑部尚书刘瞡因未主动迎合其意，竟遭到辱骂和威胁，被迫弹劾无辜官员以自保。更有官员因惧怕刘瑾，不惜自杀或谄媚取悦。在这样的高压环境下，社会公正荡然无存，法治精神遭到践踏，整个国家机器几乎成了刘瑾个人意志的延伸。
七、纳贿自肥
刘瑾的贪欲之大，几乎达到了无孔不入的地步，他利用自身的权势，对入京朝见或出使的官员索贿无度。这种风气之恶劣，以至于给事中周钥在无钱贿赂刘瑾的情况下，选择了自杀，足见当时官场风气之扭曲。然而，即便面对如此严重的后果，刘瑾的贪欲仍未得到收敛，直至其党羽张彩提出警告，指出这种索贿行为实际上是在为刘瑾积累怨恨与潜在的祸患，因为官员们大多需要借贷来满足刘瑾的要求，最终只能挪用公款偿还。这一番话似乎暂时唤醒了刘瑾的理智，