县以削弱盗贼势力，恢复饶、抚二州兵备，强化九江的军事控制力，并提议在关键位置增设官员，以加强对朱宸濠潜在威胁的监控。此外，他还机智地转移兵器，以防被朱宸濠利用。[9]
朱宸濠觉察到孙燧的防范，多次试图以贿赂、暗示乃至直接下毒等方式逼迫或除掉孙燧，均未得逞。孙燧在危机四伏中依然保持冷静，拒绝了副使许逵提出的先发制人策略，认为此举可能给朱宸濠提供发难的借口，选择隐忍待时。他连上七疏，详述朱宸濠叛迹与盗贼情况，无奈书信皆被截留，未能上达 天 听 ，使得孙燧的处境愈发艰难，内心充满忧虑。
与此同时，江西遭遇大水灾，朱宸濠蓄养的盗贼借机滋事，孙燧与许逵虽策划捕贼，但因天气突变未能成功，盗贼遁入朱宸濠祖坟，孙燧借此秘密上疏朝廷，再次预警朱宸濠的反叛意图，却仍未能引起足够的重视。面对朱宸濠的步步紧逼与朝廷的迟钝反应，孙燧以一己之力，孤军奋战于风口浪尖，展现了一位忠臣的坚韧与智慧，也为即将到来的更大风暴埋下了伏笔。
四、惨遭杀害
正德十四年（1519年），朱宸濠的反叛图谋已近公开，为稳住局面，孙燧与巡按御史林潮采取策略，将朱宸濠虚伪的“孝行”奏报朝廷，意图拖延时间，等待时机。然而，正当朝廷即将对孙燧等人的举动有所行动时，御史萧淮及时揭露了朱宸濠的真实面目，迫使朱宸濠意识到事态的紧迫，决定提前举兵。[11]
在朱宸濠生日的宴请中，孙燧等人陷入了一场精心设计的陷阱。面对朱宸濠假借太后的名义宣布起兵的谎言，孙燧毫不畏惧，挺身而出质问所谓的“诏书”。朱宸濠的狰狞面目彻底暴露，他欲强拉孙燧为其“扈驾”，即承认其篡位之举。孙燧严词拒绝，痛斥其逆天而行，誓死不从。在场的副使许逵同样表现出极大的勇气，保护孙燧并痛斥叛贼，两人最终被残暴的朱宸濠及其党羽拘捕。面对死亡的威胁，孙燧与许逵毫无惧色，大声斥骂，展现了大无畏的忠贞精神，直至被残忍杀害于惠民门外。[12]
孙燧与许逵的牺牲，激起了更多忠臣义士的反抗。朱宸濠虽然起兵，但其内部并不稳固，加之官军的迅速反应，其叛乱很快陷入困境。三贼虽然被任命为将军，但在各地官吏和民众的抵