倒马关入关，但大学士杨廷和基于对形势的深刻洞察，提出应利用仇钺新近建立的威望，从潼关入关，直指盗贼南逃的方向。这一策略的调整，有效遏制了盗贼的流动，迫使他们逃往汝州，随后在各地辗转流窜，直至固始、颍州，最终驻扎于朱皋镇。在此期间，湖广军队也有所行动，于罗田击败了贾勉儿所率的另一支盗贼队伍，为全局胜利打下了基础。
仇钺的部队紧追不舍，终于在光山追上了盗贼主力。他指挥神周、姚信、时源、金辅等将领实施包围战术，两翼夹击，使得贼军遭受重创，损失惨重。在接下来的战斗中，官军不断取得胜利，迫使盗贼分裂，四处逃窜。刘惠、赵鐩兄弟及贾勉儿等主要首领或被擒或被杀，余党也逐一被剿灭。整个战役历时四个月，河南盗贼之乱得以全面平定，显示了仇钺卓越的指挥能力和对时局的准确判断。
平定河南之后，仇钺并未停下脚步，而是立即调转方向，与陆完会师，共同在江北对付刘七等农民起义军，再一次取得了显着的战果。为此，仇钺被封为咸宁侯，不仅增加了俸禄，还获得了更高的勋号，并允许其孙子担任宁夏前卫百户，荣耀一时。
然而，和平并未持续太久，正德八年（1513年），大同告急，边疆安全受到威胁。明武宗再次委以重任，任命仇钺为总兵官，挂帅平蛮，统率京军北上御敌。仇钺在出发前向朝廷提出了五项建议，其中包括让在京操练的边军返回边疆、停止京军频繁出征等，旨在减轻百姓负担，优化军事部署，但这些合理化建议并未被采纳。到达前线后，面对来犯的贼寇，仇钺虽取得小胜，但代价也不小，这让他在呈报胜利的同时，也遭到了朝臣们的非议。
四、致仕而卒
正德十年（1515年）的冬天，对于身经百战的名将仇钺而言，是一个转折点。多年的军旅生涯和频繁的征战，使他的身体状况每况愈下，终于，他因病不得不卸下了肩上的重担，解除了营务职责。明武宗深知仇钺的功勋与付出，特地下诏为他配备了三十名士兵作为家仆，以示尊崇与关怀，这在当时是 对 有 功 之臣的一种特殊恩赐，同时也体现了皇帝对这位老将的深厚情感与尊重。
退出了繁忙的军务生涯，仇钺选择在城外的别墅中安享晚年。他的生活简单而节俭，即