场争议围绕着明世宗朱厚熜如何尊称其生父兴献王的问题展开，成为朝野上下关注的焦点。方献夫深知其中利害，他草拟了一份奏疏，表明自己支持世宗将生父尊为皇考的立场。然而，目睹朝中因意见不合而引发的激烈冲突，方献夫一度犹豫，未敢立即呈递自己的奏疏。
到了嘉靖三年（1524年），方献夫的奏疏意外地被另一位支持“大礼议”的关键人物桂萼发现，桂萼随即将其与其他支持者的奏疏一同上报给了明世宗。世宗阅后大悦，立即将这些奏疏分发给群臣讨论，此举无疑将方献夫推到了风口浪尖。原本就因“大礼议”而分裂的朝堂，对方献夫的态度更加两极分化，一些大臣视其为“奸邪”，避之唯恐不及。
同年四月，以给事中张嵩、曹怀、章侨、安磐为代表的官员，公开要求罢免方献夫，并反对世宗更改献帝称号的决定。面对排山倒海的舆论压力，方献夫试图请假居家以避风头，未果后，他于四月末递交了更为详尽的《大礼》论着，系统阐述自己的观点，表现出坚持己见的勇气。
六月，局势进一步升级，郑本公等四十余名官员联名上书，强烈指责桂萼、张璁等人为“奸邪”，并将方献夫等人一并列为“为非作歹”之辈，认为他们的行为比前朝权奸刘瑾、魏彬有过之而无不及。尽管如此，明世宗并未被这些言论所动，反而在六月十三日任命桂萼、张璁为翰林院学士，方献夫则被提拔为侍读学士。这一决定激起了更大范围的反对声浪，方献夫本人亦两次 上 疏 恳请辞退，均遭世宗拒绝。
随后，监察御史王时柯上疏，直指“议礼诸臣”如桂萼等因迎合上意而获得晋升，而那些敢于直言的大臣却遭到贬谪或惩罚，他呼吁皇帝应广纳忠言，区分忠奸，建议宽恕如薛蕙等直臣，同时允许方献夫等人辞职，以平息争议，恢复朝堂的公正与和谐。
最终，在九月五日，明世宗采纳了方献夫、张璁、桂萼等人的意见，正式确立了“大礼议”的解决方案，这一决策不仅巩固了世宗的皇权，也让方献夫等支持者得到了皇帝的极大信任与恩宠。
三、激流勇退
嘉靖三年（1524年）的秋天，方献夫在经历了“大礼议”风波之后，面对朝堂上持续的争议与个人声誉的两极分化，内心开始萌生退意。