，方献夫力挺王守仁，列举其功绩，成功扞卫了王守仁的政绩与边疆新建城镇计划，这对于维护边疆稳定和鼓励前线将领具有重要意义。
此外，方献夫在朝堂纷争中亦显现出高超的政治手腕。嘉靖八年，面对张璁、桂萼与杨一清之间的矛盾，方献夫借灾异之机上书，倡导团结，同时提出召回被贬官员、增加进士录取名额等建议，旨在缓和内部矛盾，增强朝廷凝聚力。虽然最终未完全实现其提议，但明世宗对方献夫的建议表示赞赏，显示出皇帝对方献夫在朝堂稳定中作用的认可。
六、又掌吏部
方献夫接替桂萼执掌吏部后，立即投入到一系列重要工作中，包括主持殿试读卷、监修《大明会典》等，显示了皇帝对方献夫能力的高度信任。面对朝中官员空缺问题，他提出从各部选拔人员填补御史职位，体现出灵活的行政手腕。在处理桂萼、张璁被罢免后的人事问题时，方献夫展现了中庸之道，既清理了部分党羽，又保护了一些他认为不应受牵连的官员，如黄绾等，这一举动平衡了各方势力，避免了朝政动荡。
在制度创新上，方献夫针对安昌伯钱维圻去世后其庶兄钱维垣请求世袭爵位一事，提出了外戚封爵不应世袭的观点，并援引历史例证，最终促使明世宗采纳意见，永久禁止了外戚世袭爵位，这一改革对后世产生了深远影响。
然而，方献夫的仕途并非一帆风顺，多次因个人健康状况和朝中争议请求退休，均未获准。期间，他不仅要应对如刘永昌等人的弹劾，还要处理官员任免中的争议，如孙应奎、夏言等人的指控，涉及到方献夫偏袒亲信、违反选官常规等问题。面对这些指责，方献夫与张璁联合自辩，并多次请辞，但明世宗并未接受，反而指示维持原有人事安排，显示出皇帝对方献夫的支持与维护。
方献夫还介入了关于言官权限与朝堂言论自由的辩论，他支持给事中薛甲提出的限制平民上书、防止妄议朝政的建议，但这一提议并未得到明世宗的采纳，反而引发了更多的官场争议，如给事中饶秀对薛甲的弹劾，反映了当时朝堂上意见分歧和政治氛围的紧张。
面对接踵而至的争议与自身健康问题，方献夫坚持多次请求退休，最终在九月得到了明世宗的许可，尽管皇帝保留了职位等待他康复。