因反对皇帝的某些决定而遭受打压，甚至因为儿子的代笔事件面临危机，但徐阶凭借对时局的精准判断和对严嵩的巧妙周旋，不仅化险为夷，还进一步巩固了自己的地位。
四、入阁辅政
徐阶入阁辅政，标志着他政治生涯的一个全新阶段，也是他与权臣严嵩长达数年的微妙博弈的开始。嘉靖三十一年（1552年）三月，徐阶以礼部尚书的身份，被正式任命为东阁大学士，进入了权力核心。这一任命，不仅代表了皇帝对徐阶能力的认可，也为他提供了更广阔的舞台，来施展自己的政治抱负。
此时的大明王朝，外有倭寇侵扰，内有严嵩专权，政局动荡不安。徐阶的入阁，为朝廷带来了一股新的力量。同年八月，大将军仇鸾病逝，徐阶迅速行动，密书揭露仇鸾通虏误国的真相。这一举动不仅彰显了徐阶的政治敏锐度，也间接帮助严嵩重新获得皇帝的信任，因仇鸾曾是严嵩的政敌。徐阶通过这一策略，巧妙地缓和了与严嵩的关系，为后续的斗争赢得了宝贵的时间和空间。
面对严嵩的专权，朝中不乏正直之士挺身而出，如刑部员外郎杨继盛的弹劾，列举了严嵩“五奸十罪”，尽管其中也批评了徐阶作为次辅未能有效制约严嵩，徐阶却并未因此报复，反而暗中援救了许多因弹劾严嵩而遭难的官员，如沈束、王宗茂、赵锦等人，这不仅体现了徐阶的政治智慧，也赢得了人心。
杨继盛的弹劾虽然最终未能撼动严嵩的地位，却加深了严嵩对徐阶的猜疑。徐阶在这一过程中，始终保持着谨慎的态度，他知道直接对抗严嵩不仅风险极大，也可能损害国家大局。因此，他一方面继续以恭谨的姿态撰写青词以取悦皇帝，另一方面则在幕后保护那些因正义而受到迫害的官员，尽量减少政治斗争的负面影响。
嘉靖三十三年（1554年），徐阶因万寿节推恩而晋升为太子太傅，并进为武英殿大学士，这不仅是对他个人政绩的肯定，也意味着他在朝中的地位进一步巩固。面对江南严重的倭患，徐阶凭借对军事的了解和对家乡情况的关切，频繁为皇帝提供应对策略，进一步凸显了他的重要性。
嘉靖三十七年（1558年），吴时来、张翀、董传策三位官员因弹劾严嵩而被充军，这三人与徐阶有着密切的关系，严嵩因此怀