利于行，皇帝依然难以接受直接的批评，海瑞因此被投入诏狱，面临严峻的考验。此时，朝中局势微妙，内阁首辅徐阶等有识之士认识到海瑞的忠诚与价值，尽力从中斡旋，避免了更严重的后果。户部司务何以尚不顾个人安危，上书请求释放海瑞，结果遭到残酷的惩罚，反映出朝中正义与谄媚势力之间的激烈较量。在徐阶等人的努力下，海瑞虽然身陷囹圄，但生命得以保全。
四、大赦出狱
嘉靖四十五年（1567年）的岁末，明世宗朱厚熜的去世，为海瑞的命运带来了戏剧性的转折。在此之前，海瑞因直言上疏而被囚禁于诏狱，生死未卜。然而，皇帝的突然离世，为海瑞带来了一线生机。当时，提牢主事敏锐地觉察到时局的变化，相信海瑞不仅能够获释，甚至可能得到重用，于是设宴款待海瑞，试图以此缓解其心中的不安。海瑞本人则以为这顿饭是行刑前的最后一餐，因此不加克制地享用，直到提牢主事悄悄告诉他皇帝已逝，他即将被释放并可能复职的消息。这一消息瞬间击溃了海瑞的心理防线，他先是震惊，随即悲痛欲绝，吐出所食之物，陷入长时间的哭泣，这一幕深刻反映了他复杂的心情：既有对君主逝世的哀伤，也有对自己命运转变的激动与难以置信。
随着明穆宗朱载垕即位，年号改为隆庆，依据先帝遗诏，包括海瑞在内的所有因进言而遭惩处的大臣得到了赦免。海瑞重获自由，并很快官复原职，旋即被调往兵部，后又被提拔至大理寺任职，并担任尚宝丞，掌管皇帝的御玺和印鉴，这一职务的任命，无疑是对海瑞忠诚与正直品质的高度认可。
此间，海瑞并未因个人遭遇的波折而改变其刚正不阿的本色。当徐阶受到御史齐康弹劾时，海瑞挺身而出，客观公正地评价了徐阶。他认为徐阶在前任皇帝时期虽有失职之处，但在主持国政后确有诸多积极贡献，表现出难得的宽容与勤勉。海瑞对齐康的批判，则直接指出其作为“鹰犬”，捕杀善良，其行为更为可耻。海瑞的言论获得了广泛的支持，再次证明了他在关键时刻坚持原则、仗义执言的个性。随后，海瑞被调往通政司，先后担任左、右通政的职务，继续在新的岗位上发挥其才能，参与国家政事的沟通与协调。
五、巡抚应天
隆庆三年（1569年）夏