季，海瑞迎来了他仕途上的一个重要节点，他被提拔为右佥都御史，外放至应天担任巡抚，管辖范围覆盖了当时经济最为繁荣的江南地带，包括应天、苏州、常州等多个府县。这一任命，既是对海瑞能力的认可，也是对他锐意改革、铁面无私精神的期待。
海瑞的到来，如同一股清风，迅速吹遍了整个江南。那些习惯于贪污舞弊的官吏，闻风丧胆，不少人选择了主动离职，以逃避即将到来的严苛审查。权贵们也纷纷收敛自己的行为，象征权势的红门被涂黑，连一向飞扬跋扈的宦官也减少了出行的排场，这一切都表明海瑞的威名与实际行动产生了显着的效果。
在应天巡抚任上，海瑞积极推行了一系列利国利民的政策。他重视农业发展，倡导并实施了吴淞江、白茆河的疏浚工程，有效改善了当地的水系，促进了农业灌溉，增加了粮食产量，百姓因此受益匪浅。海瑞深谙土地兼并之害，坚决打击豪强，保护贫苦农民的利益，推行“一条鞭法”，简化税收制度，减轻农民负担，许多被豪强侵占的土地被归还给了原主，赢得了“海青天”的美誉。
然而，海瑞的雷厉风行也触动了既得利益者的敏感神经。即使是曾经的内阁首辅徐阶，其家族在海瑞的公正无私面前也未能幸免，被要求遵守同样的法规，不得享有特权。海瑞的严厉执法和不留情面，使得一些官员战战兢兢，执行命令不敢有丝毫懈怠，一些豪强大族甚至选择暂时避居他处，以避开这场风暴。
与此同时，海瑞的严苛也招致了一些负面反应。一些奸猾之徒趁机捏造事实，诬告他人，导致一些无辜的大家族成员蒙冤受屈。此外，海瑞还削减了过往官员的额外开支，使得那些过往的士大夫在经过他的辖区时，无法享受到以往的待遇，这进一步加剧了对他的不满情绪。
六、倍受排挤
隆庆三年（1569年）冬，海瑞的仕途遭遇了首次重大挫折。都给事中舒化指责海瑞行事古板，不懂变通，主张将其调往南京担任闲职，但明穆宗并未采纳此议，反而以嘉勉之词鼓励海瑞继续努力。然而，好景不长，给事中戴凤翔随后弹劾海瑞偏袒刁民，欺压士绅，破坏政局稳定，海瑞因此被改派至南京负责粮储事务。他在应天府仅仅半年，却深得民心，离任时，百姓痛哭流涕，自发绘制