海瑞像供奉，可见其在民间的崇高声望。
此时，海瑞的政治对手高拱执掌吏部，利用职权将海瑞的职位进一步边缘化，合并至南京户部，海瑞在无奈之下托病辞官，返回故乡琼山。在这段时期，海瑞还特意前往福建拜访旧友黄光升，以表达对其早年援手之恩的感激之情。
万历元年（1572年），权臣张居正主政，海瑞因其刚正不阿的性格同样不受青睐。张居正指示巡按御史对海瑞进行考察，而御史探访海瑞住所时，见到的仅是简朴至极的生活条件，海瑞以家常便饭招待，御史感慨而去，未作不利于海瑞的报告。尽管如此，张居正鉴于海瑞的刚直性格及其在外的声望，始终未予重任，即便朝野内外屡有推荐。
直到张居正去世后的万历十年（1582年）冬天，海瑞的政治命运才出现转机。吏部提议重新启用海瑞为左通政，明神宗因敬重海瑞的声名，于次年任命他为南京右佥都御史，并在赴任途中改任南京吏部右侍郎。此时，海瑞已届七十二岁高龄，却依然壮心不已，上疏直言自己虽老迈，但仍愿以死进谏，建议效仿明太祖朱元璋时期的严苛法律，严惩贪腐，其言辞恳切，却因提倡使用残酷刑法，遭到了部分官员的非议。御史梅鹍祚因此弹劾海瑞，但明神宗深知海瑞的忠诚与正直，不仅未加责罚，反而处罚了梅鹍祚。
七、老病去世
万历年间，明神宗对海瑞抱有重用之心，然而，由于朝廷内部的复杂斗争，特别是主持国政的内阁大臣们的暗中阻挠，海瑞的晋升之路充满坎坷。最终，海瑞被任命为南京右都御史，一个相对远离政治中心的职位。尽管如此，海瑞并未因此气馁，反而以更加坚定的决心投入到工作中，坚持原则，严惩贪污腐败，严禁私下受贿，力求恢复官场的清明。
面对当时官场普遍存在的懈怠与不作为，海瑞亲力亲为，以身作则，决心矫正这些积弊。他甚至依据明太祖的严厉法规，对行为不当的御史提出杖刑惩罚，这一举措使得百官震动，许多人因害怕受到同样的待遇而惶恐不安。海瑞的铁面无私也招致了一些官员的忌恨，提学御史房寰便是其中之一，担心被海瑞纠举，联合给事中钟宇淳，两次上疏诬陷海瑞。尽管如此，海瑞面对攻击与诽谤，依然坚持自己的立场，并多次请求退休，但均被明