一、早期三战三捷
谭纶于嘉靖二十二年（1543年）踏上仕途，次年高中进士，初任南京礼部主事，但因母丧离职守孝。复出后，他被任命为兵部职方郎中，旋即转任台州知府，此时正值倭患猖獗之时。谭纶深知仅靠正规军难以迅速平定倭乱，便着手组建和训练地方乡兵，以应对紧急局势。他亲力亲为，制定严格的军纪，构建了一支纪律严明、能征善战的精兵队伍。
嘉靖三十六年（1557年）前后，谭纶的军事才能在实战中得到验证。当倭寇进犯栅浦，谭纶亲自率领新训练的乡兵迎头痛击，取得了三战三捷的辉煌战绩，极大鼓舞了士气。随后，倭寇转攻台州、仙居、临海等地，谭纶指挥若定，连连告捷，展现了卓越的军事指挥才能。
嘉靖三十七年（1558年），谭纶升任浙江按察司海道副使，进一步扩大了抗倭力量的建设。他广泛招募浙东地区的青壮年，加以严格训练，并成功整合了戚继光麾下的精兵，形成了一支强大的抗倭力量。次年，倭寇再次来袭，谭纶与戚继光并肩作战，在马岗、何家石览等地重创敌军，斩首七十七级，接着又在葛埠、南湾接连取胜，有效遏制了倭寇的嚣张气焰。
嘉靖三十九年（1560年），谭纶因战功显着，经直浙总督胡宗宪推荐，被加封为浙江布政使司右参政，正当其仕途有望更进一步之际，却因父母相继去世需离职守丧，暂时告别了烽火连天的抗倭前线。
二、屡败倭寇
谭纶的军事生涯并未因其短暂的离职守丧而中断，反而在国家需要时再次被召回，展现了他的不可替代性。在兵部尚书杨博的极力举荐下，谭纶复出，这一次他肩负起更为复杂的任务，不仅要继续抗倭，还需平定内部的动乱。
当时，浙东地区虽然在谭纶等人的努力下，倭患有所减轻，但一股新的威胁悄然兴起。林朝曦，原为大盗张琏的余党，张琏虽已被平定，林朝曦却趁势据守旧巢，拒绝投降，并开始袭扰周边州县，其中程乡县首当其冲。面对这股新兴的叛乱力量，谭纶临危受命，被任命为浙江布政使司右参政兼按察司副使，负责统领浙军进行征讨。谭纶充分发挥其军事才能，采取了分化瓦解与直接打击相结合的策略。一方面，他派遣知县徐甫宰严密布防，稳定局势；另