段落后，北方边关的防御问题又日益凸显，谭纶的军事才能和丰富经验，无疑成为了国家最宝贵的财富，预示着他将在接下来的岁月中，继续为国家的安全与稳定贡献自己的力量。
五、总督蓟辽
隆庆元年（1567年），谭纶面对国家北部边疆的安全挑战，再次被委以重任。尽管他曾上疏请求辞职，但明穆宗深知其才，不予批准。同年八月，朝廷内部鉴于谭纶、俞大猷与戚继光在平倭中的卓越表现，提议召回他们训练京师兵马，最终穆宗决定调谭纶回兵部，负责军事要务。
次年三月，谭纶被晋升为兵部左侍郎，兼任右佥都御史，总督蓟、辽、保定军务，并管理粮饷。面对边防兵力不足、装备老化、士气低落等问题，谭纶提出了四大难题：一是缺乏足够且持续训练的车战部队；二是燕、赵士兵战斗力下滑，需引入吴、越士兵混合训练；三是军纪松弛，且地处京城附近，改革易遭非议；四是缺乏实战锻炼，难以彻底震慑敌人。针对这些问题，他提出了一套详尽的改革方案，包括建立三营制，分别由总兵、参将、游击统帅，并由戚继光总领练兵；春季与秋季，三营兵马轮换至边关，既可御敌于关外，又能确保一旦敌人入侵，能迅速组织有效抵抗。
谭纶的方案获得了穆宗的支持，同时也授权他与戚继光具体实施。谭纶借机强调了练兵必须专一，避免过多干预，以保证训练效果。尽管遭到了一些官员的反对和弹劾，但在张居正的支持下，穆宗坚定地将练兵权交给了谭纶，并警告其他官员不得干扰。
谭纶根据边关地理特点，将蓟镇分为十二防区，每区设小将管理，全军分为三营，分别驻守关键地带。他与戚继光密切合作，不仅强化了日常训练，还构建了屯兵御敌台体系，共计三千余座，从居庸关延伸至山海关，形成了坚不可摧的防线。同时，谭纶还招募了大量浙江兵驻守，使得边防力量大大增强。
谭纶的这些措施迅速见效，当年秋季，蓟镇、昌平地区未出现任何警讯，过往需从外地调兵防卫的做法也被取消。他在巡视边塞时，深刻总结了南北作战的不同策略，明确了北方边防的“坚壁清野，钳制侵略”的战略方针。经过这一系列的大刀阔斧的改革与建设，不仅边防力量得到根本性提升，也有效震慑了蒙古势力，使