卓越的军事组织才能，迅速调动陈希学、曹邦辅、王遴等将领，部署防御阵线，同时加强京城与南都的防护，确保山陵安全。此外，他还派遣刘焘驻守天津，保障粮食供应，任命王崇古、谭纶专司征剿，以戴才负责军饷后勤，周密的布署有效震慑了蒙古兵，使其不敢轻易入侵。
同年十月，俺答汗之孙把汉那吉因家族纠纷投奔明朝，请求庇护。面对这一突发事件，朝中意见分歧，多数官员担忧此举可能引发敌对行动。然而，高拱与张居正坚定支持接纳把汉那吉，不仅建议封其为指挥使，还安排其享受优厚待遇，以诚意赢得其心。高拱更进一步，通过政治 手 腕 排除反对声音，最终促成俺答汗与明朝的和解，双方达成封贡协议，开启了长期和平局面。这一决策，不仅解决了明朝北方边疆的长期隐患，也展现了高拱在外交上的高瞻远瞩与果敢决断。
在内部治理方面，高拱同样表现出色。当贵州土官安国亨被误传叛乱时，高拱并未轻信，而是深入调查，发现实为地方官员误解所致，随即采取安抚措施，避免了一场不必要的战争。这一事件再次证明了高拱审慎判断与明智决策的能力。
高拱的边防政策不仅注重短期应对，更重视长远规划。在俺答汗封贡事宜完成后，他担忧边防士兵会因和平而懈怠，遂提出定期派遣大臣巡查边防，评估军备、物资、人员状态，鼓励增益，严惩停滞，确保边防力量持续强大。这一政策不仅在当时取得了显着成效，也为后续几十年的边疆稳定奠定了基础。
在南方，高拱同样展现了其治理智慧。面对广西古田壮族韦银豹的叛乱，高拱推荐殷正茂为总督进行镇压。尽管殷正茂性贪，但高拱认为只要能迅速平定叛乱，即使有一定损耗也值得。同时，他注重本地人才的培养与提拔，引导民风向善，最终实现了地区的稳定与繁荣。
五、智断安国亨案
隆庆年间，贵州土官安国亨与安智因私人恩怨引发的兵戈，几近演变为一场大规模的叛乱。当地巡抚将此事上报为“叛逆”，并出兵征伐，但未能取得成果，局势反而趋于恶化。新任巡抚阮文中在赴任前，特地拜访了内阁首辅高拱，寻求对策。
高拱洞察事态，指出安国亨与安智之间的争斗实为私人恩怨，与朝廷无涉。他批评地方官