内阁中公开冲突，最终殷士儋也被迫离开内阁。至此，除了张居正，旧辅几乎都被高拱排挤出去。
高拱不仅对阁僚施压，还对曾经的政敌徐阶及其党羽进行了清算。他先是将海瑞从应天巡抚调任南京，不久后又逼迫海瑞告病归家。高拱还撤销了徐阶任期内的多项政策，包括对先朝受冤官员的平反与抚恤。在刑部、大理寺的例审中，高拱试图干预王金一案，最终以减轻刑罚结束。此外，他对徐阶的下属也采取了报复措施，如故意拖延他们的晋升，甚至将其贬至偏远地区。
对于徐阶本人，高拱更是展开了持久的攻击。他上疏揭露徐阶在家乡的不当行为，指责其纵容子弟横行乡里，大肆敛财。高拱还唆使言官不断追论徐阶，最终导致徐阶的三个儿子被捕，财产被没收。面对徐阶的求饶，高拱起初态度强硬，但在张居正、李春芳等人的劝说下，最终决定给予徐阶宽大处理，释放其子并归还部分土地。这一举动表面上是为了安抚苏松乡绅，实际上也反映出高拱在权力斗争中对形势的灵活应对。
七、逐归乡间
隆庆六年（1572年），高拱的地位达到了顶峰，被晋封为柱国、中极殿大学士，然而，他的专横跋扈也达到了前所未有的程度。高拱的门生韩楫、程文等人日夜在其门下奔走，滥用职权，人们对此普遍反感。高拱本人的清廉形象也开始受损，他开始抱怨生活拮据，暗示门生下属进献财物，这种行为逐渐引起了朝野的非议。御史汪文辉上疏讽刺时政，高拱怒而召见，将其贬往宁夏；尚宝卿刘奋庸和给事中曹大野也先后上疏弹劾高拱，指控他擅权报复、排斥异己、超拔亲信等罪状，但均未得到穆宗的采纳，两人最终被贬黜。
张居正与高拱的关系，从最初的相互欣赏与合作，逐渐转变为竞争与对立。世宗去世当日，徐阶仅召张居正共同起草遗诏，未通知高拱，这一举动埋下了高、张二人矛盾的种子。随着高拱在内阁中的地位日益巩固，张居正开始采取自我保护策略，避免直接卷入高拱与其他阁僚的冲突。张居正心中对于长期屈居高拱之下显然感到不甘，他暗中与司礼监太监冯保结盟，意图借助内廷力量扳倒高拱。
穆宗病危之际，高拱、张居正及高仪等受召入内接受顾命，穆宗临终前紧握高拱之手，托付国事。然而