年冬季委任王崇古为兵部右侍郎兼右佥都御史，统辖陕西、延宁、甘肃军务，旨在改变边疆不利态势。上任伊始，王崇古立即调整战略，下放权力，要求各级将领以军法严格指挥，精心绘制地图，制定作战计划，分派给赵岢、雷龙等将领执行。
通过增强防御、周密部署，王崇古成功稳定了边境局势。在吉能及其部众再度进犯之际，王崇古指挥有方，不仅有效阻击了敌军，还巧妙调动雷龙将军从兴武秘密出兵，突袭着力免（吉能部下）营寨，取得了重大战果。当吉能再次挑衅时，王崇古迅速反应，一方面亲率边防军迎击，另一方面令雷龙从花马池、长城关发起进攻，最终大获全胜。
王崇古在陕西边疆的七年里，凭借其出色的军事才能和坚定的战略眼光，不仅多次挫败了吉能等外敌的侵扰，还显着提升了边防实力，确保了边疆的安宁。他的赫赫战功，赢得了朝廷的认可，从右佥都御史晋升至右都御史，这不仅是对他个人贡献的肯定，更是对他在维护国家边疆安全方面所做出的巨大努力的最高褒奖。
三、怀柔政策
嘉靖二十年（1541）以来，吉囊的弟弟俺答汗以及其部众对明朝边疆构成了长达三十年的威胁，尤其是东至蓟镇、昌平，西至陕西四镇的广大区域，频繁遭受侵扰。叛贼赵全等人更是在俺答的支持下，占据古丰州，招募流民，构建起名为“板升”的坚固据点，俨然形成独立王国，严重挑战了明朝的边防安全。尽管朝廷悬赏缉拿赵全，但效果甚微，边关将领腐败现象严重，甚至与敌勾结，导致边防情报泄露，边疆形势日益严峻。
隆庆四年（1570），王崇古受命统领宣府、大同、山西的军务。他深知硬碰硬的军事对抗难以持久，遂采取了一种更为智慧的策略——怀柔政策。首先，他严禁边军士兵擅自出关，同时派遣熟悉敌情的人员深入敌营，充当间谍，以获取第一手情报。更重要的是，王崇古发布招抚令，承诺凡率众来降或自行逃回的汉族和少数民族军民，均会受到妥善安置和安抚，此举极大地动摇了敌方人心，加速了叛乱分子的瓦解。
同年冬天，一个转折点出现。把汉那吉，俺答汗的孙子，因家庭矛盾和个人遭遇，携妻儿十余人投奔明朝，成为王崇古实施怀柔政策的关键契机。王崇古意识到，