最终生擒张琏及其部下萧雪峰等，大获全胜。然而，与俞大猷协同作战的闽、广官员冒领战功，俞大猷却选择了宽容大度，不与之计较。此次胜利，俞大猷被提升为副总兵，负责南、赣、汀、漳、惠、潮诸郡的协防工作，展现了其卓越的军事领导力。
在成功平定张琏后，俞大猷乘胜追击，继续征讨程乡盗贼，迫使梁宁逃亡，徐东洲被捕。面对林朝曦与黄积山的联合反抗，俞大猷指挥官军攻破贼营，斩杀黄积山，林朝曦虽一度逃脱，但最终也被消灭，彻底清除了这一地区的匪患。
4、兴化之战
嘉靖四十一年（1562年），一股新倭寇势力从日本本土集结而来，对兴化城形成了严重的威胁。倭寇人数众多，长期围困兴化，但始终未能攻克。直到一次伪装渗透，倭寇利用刘显使者的身份混入城中，一举攻陷兴化，使局势陷入极度危险之中。
倭寇占领兴化后，刘显率军逼近，但鉴于兵力劣势，他未敢贸然攻城，这一决策却使他遭到弹劾，蒙受不白之冤。俞大猷对此表示理解，认为在兵力不足的情况下强攻，风险极大，主张等待时机，集中优势兵力后再行出击，展现了他谨慎而不失战略眼光的军事风格。
嘉靖四十二年（1563年），朝廷紧急调遣俞大猷为福建总兵官，谭纶则出任右佥都御史，巡抚福建，共同应对倭患。然而，战局再添变数，都指挥欧阳深在平海卫不幸中伏阵亡，倭寇趁机占领该地，形势愈发严峻。
在戚继光率领的浙江精锐部队加入后，谭纶迅速组织了对倭寇的全面反击。他精心布署，切断倭寇退路，以刘显、俞大猷、戚继光为三大主力，对平海卫实施围攻。在谭纶的指挥下，戚继光勇担先锋，一举突破倭寇防线，收复了平海卫，斩首两千余级，取得了决定性胜利。随后的追击中，俞大猷与戚继光等将领紧密配合，又歼灭倭寇三千多人，彻底解除了兴化的威胁。
鉴于戚继光在兴化之战中的卓越表现，朝廷决定由他接替俞大猷，出任福建总兵官，而俞大猷则被调任至南赣总兵官。这一调整，不仅体现了朝廷对戚继光的认可，也彰显了俞大猷的高风亮节，他以国家大局为重，毫无怨言地接受调动，继续在新的岗位上发光发热。
5、潮州战役
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