靖四十三年（1564年），俞大猷临危受命，调任广东总兵官，面对潮州倭寇与海盗吴平勾结，以及蓝松三、伍端等少数民族首领的叛乱，局势极为复杂。俞大猷凭借丰富的招降经验和显赫的战功，采取了软硬兼施的策略，单骑入伍端等部，成功招降程绍录，并借其之口劝降梁道辉，显示了其卓越的政治手腕与军事威慑力。
在惠州，俞大猷的威名同样发挥了关键作用。惠州参将谢敕在与伍端交战中处于下风，提及“俞家军”的到来，伍端等首领闻风而逃，避免了正面冲突。不久，俞大猷亲临惠州，迅速擒获温七，迫使伍端负荆请罪，请求参与抗倭，以此弥补过错。俞大猷顺势而为，任命伍端为先锋，于邹塘围剿倭寇，一举焚杀四百余人，展现了其出色的军事指挥才能。
倭寇败退至崎沙、甲子等地，企图乘船逃逸，但遭遇海上风暴，损失惨重。幸存者退守海丰金锡都，俞大猷率军围困，历时两月，断其粮道。副将汤克宽设伏，击毙倭寇首领三人，参将王诏等随后赶到，彻底歼灭残敌，彰显了明军的强悍实力。
嘉靖四十四年（1565年），吴平卷土重来，制造大量船只，聚众叛乱。戚继光与俞大猷再度携手，水陆并进，重创吴平，迫使其逃往凤凰山。然而，在后续的追击中，汤克宽、李超的部队遭遇挫折，吴平乘机逃入大海，俞大猷也因此受到弹劾，被免去官职。最终，吴平在万桥山被汤克宽部彻底消灭，但其生死成了谜团，留下了一段未完的战史。
6、讨平流寇
嘉靖四十五年（1566年），李亚元在河源、翁源地区煽动叛乱，威胁地方安宁。面对这一严峻挑战，总督吴桂芳紧急调集十万大军，委任俞大猷为先锋，率领精锐部队深入敌腹。俞大猷采用分兵五哨的战术，直捣李亚元巢穴，经过一系列激烈战斗，成功俘虏斩杀叛军一万四百余人，解救被挟持的百姓八万余人。这一辉煌战果，不仅稳固了地方秩序，也为俞大猷赢得了“平蛮将军”的殊荣，官职晋升为署都督同知。
伍端病逝后，其部下王世桥趁机作乱，局势一度动荡。俞大猷临危不惧，迅速调集兵力，对王世桥叛军发起猛攻。经过一番激战，王世桥被其部下捆绑，主动向俞大猷投降，再次彰显了俞大猷在平叛中的杰出指挥能力和军事影响力