，神宗与王氏相遇并有了朱常洛。然而，神宗对王氏及其儿子并无太多感情。相比之下，他深爱着郑贵妃，并对郑贵妃所生的朱常洵寄予厚望，有意将其立为皇储，这直接违背了传统的“立嫡以长”的原则，引起了朝野的极大关注。
内阁首辅申时行身处这场政治旋涡的中心。一方面，他意识到神宗的意愿，另一方面，他也深知朝中大臣对长子继承的传统观念根深蒂固。申时行在权衡利弊后，采取了骑墙的策略，试图在皇帝和朝臣之间寻找平衡点。他表面上赞同群臣立朱常洛为皇储的请求，暗地里却向神宗表达支持朱常洵的立场。
群臣见神宗对朱常洛的皇储地位迟迟不予确认，开始将矛头转向郑贵妃，指责她干预朝政，这引起了神宗的强烈不满。为了解决这一困境，申时行献策限制官员议论非职权范围内的事务，这有效地压制了对郑贵妃的批评，得到了神宗的赞赏。
然而，关于皇储的争论并未因此平息。万历十八年（1590年），神宗承诺两年后册立皇储，条件是群臣不再 聒噪。申时行随即劝告群臣保持冷静。但第二年，工部主事张有德再次上疏提及册立仪式，激怒了神宗，导致册立之事再次延后。此时，申时行正休假中，许国代行内阁事务，上疏提及册立事宜，将申时行列为首位。申时行得知后，秘密 上 疏 辩解，强调自己与此事无关，并表示神宗已决定册立之事，不应受外界干扰。这番言行被曝光后，群臣对申时行首鼠两端的行为感到愤怒。
给事中黄大城与内阁中书黄正宾先后上疏，揭露申时行的两面派行为，指责他表面赞同群臣意见，背后却迎合皇帝，以求皇恩。结果，黄大城与黄正宾被罢官，但这并未平息朝中的不满情绪。御史邹德泳再度上疏，直言申时行的不忠行为。面对群臣的激愤，申时行感到了前所未有的压力，最终选择上疏辞官，请求归乡。神宗批准了他的请求，允许他乘坐驿站车马返乡。
六、寿终正寝
万历十九年（1591年）的八月，申时行结束了他在朝中的政治生涯，回到了养育他成长的故乡长洲。彼时，他已经年届五十七岁，一个在明朝的岁月里已经算得上是中年的年龄。从京城的繁忙与权力的中心回到宁静的故乡，对于申时行而言，意味着另一种生活的开始。在长