西等精锐部队及浙兵、苗兵，组成庞大的平叛大军。四月，李如松接掌帅印，迅速整合各方兵力，制定周密作战计划。
六月，李如松亲率大军抵达宁夏，迅速稳定战局。七月，他命副将麻贵率部出击，成功击败蒙古河套部落，并一路追击至贺兰山，彻底剪除叛军的外援。与此同时，各路援军在宁夏城下形成合围之势，将叛军困于孤城之中。
面对坚固的宁夏城防，李如松展现出卓越的军事才能。他仔细观察地形，决定采取水攻之策，下令决开黄河，引滔滔黄河水灌入城中。城内叛军顿时陷入困境，弹尽粮绝，军心涣散，斗志全无。加之内部火拼，叛军势力迅速瓦解。
九月十六日，宁夏城防在黄河水的浸泡下终于崩塌，李如松抓住时机，下令全面攻城。明军如潮水般涌入城内，叛军首领哱拜在绝望中杀死两名属下后向李如松投降。然而，李如松为彻底根除叛乱，最终决定尽灭哱拜族，宁夏叛乱至此彻底平息。
三、转战朝鲜
在16世纪末，随着丰臣秀吉完成对日本列岛的统一，其野心转向了外部，制定了一个野心勃勃的军事扩张计划，目标直指朝鲜半岛乃至整个东亚地区。万历二十年（1592年），丰臣秀吉指挥下的庞大军队，共计15万之众，跨越对马海峡，对朝鲜半岛发起了猛烈的攻击。日本军队的突然袭击和高效的作战能力，使得朝鲜半岛上的防御体系几乎瞬间崩溃。朝鲜的李氏王朝，长期处于内部纷争和武备松弛的状态，面对来势汹汹的日军，几乎无力招架。短短两个月内，朝鲜的主要城市包括京城、开城、平壤相继沦陷，日军的推进直至鸭绿江畔。
丰臣秀吉的野心并不止于朝鲜，他进一步要求明朝承认日本占据朝鲜北部领土，甚至试图动摇明朝在周边国家的宗主权。这一举动引起了明朝朝廷的强烈反应，主战派主张坚决抵抗，而主和派则担心朝鲜的脆弱会拖累明朝。最终，万历帝决定出兵援助朝鲜，显示了明朝作为宗主国的责任和决心。
然而，初次派遣的辽东副总兵祖承训率领的三千兵马在进攻平壤时遭遇惨败，副将史儒战死，部队遭受重创，祖承训本人也险些丧命。这次失败凸显了日军的强大和明军准备的不足。
鉴于此，万历帝在万历二十年（1592年