任内晋升为少傅，加封太子太傅，并改任建极殿大学士，显示出皇帝对他的重视。
五、议和失败
万历二十二年（1594年）十二月，日本与明朝间的封贡问题再度浮出水面，成为朝堂上的焦点议题。时任礼部尚书兼东阁大学士的石星极力倡导与日本议和，赵志皋，身为内阁首辅，也倾向于避免冲突，选择和平解决争端。在赵志皋看来，议和不仅能够避免战争带来的巨大消耗，还能为国家赢得宝贵的安定时期，这与石星的立场不谋而合。
然而，万历二十三年（1595年），和议最终以失败告终，这一结果在朝野引起了轩然大波。舆论普遍认为，议和的失败是由于石星和赵志皋的错误判断和轻率决策。随着消息的扩散，朝中对石星的批评之声此起彼伏，而赵志皋作为首辅，自然也被卷入了这场风暴中心。每一次遭到弹劾，赵志皋都会立即上疏，请求辞去官职，但明神宗总是予以挽留，力图稳定政局，防止内阁出现真空。
明神宗对赵志皋的支持并未减弱，每当有弹劾赵志皋的奏章送达，神宗往往选择不予理睬，或是私下谴责弹劾者以示安抚。然而，随着封贡失败的影响持续发酵，对赵志皋的批评声浪越来越大，神宗不得不采取更为强硬的手段，将大部分弹劾奏章扣押，不再下发讨论，以此来保护赵志皋。即便如此，赵志皋因病体渐衰，已经难以正常处理政务，多次主动请辞，但神宗的挽留愈发坚决。
封贡之事的彻底失败，导致石星被指控犯有欺君之罪，被投入监狱等待处决，而张位也因与杨镐的关联而被罢官。在这一系列事件中，赵志皋虽然未直接 遭 受 审查，但他已深受健康状况恶化的影响，无法有效履行职责。最终，面对御史于永清、给事中桂有根等人的新一轮弹劾，赵志皋的辞职请求变得更为坚决。然而，直至其生命最后时刻，明神宗仍未批准赵志皋的辞呈，显示出对这位老臣的深厚信任与不舍。
六、卧病谏言
赵志皋晚年饱受疾病折磨，但即便卧病在床，他仍心系国家大事，展现了非凡的忠诚与责任感。在万历二十四年（1596年），面对天灾人祸频发的严峻形势，包括两宫遭灾、彗星现世、日食严重以及皇宫火灾等一系列异常天象与灾难，赵志皋不顾病体，多次草拟奏