梃击案中包庇奸党；任意破坏诏书；纵容儿子犯罪；压制言官；纵容 抚 臣失职；指挥军队作战失利；欺骗皇帝，使辅臣蒙羞；以及代征专卖税，侵害国家和百姓利益。此外，惠世扬还指出方从哲在处理郑贵妃请求封后一事上态度模糊；在李选侍凌辱圣母，导致圣母饮恨而死的问题上，方从哲收受贿赂，想封李选侍为贵妃；以及在崔文升用泄药伤害先帝和李可灼进献毒药后，方从哲不仅未加惩罚，反而拟作赏赐。
这些弹劾奏疏上达 天 听 ，皇帝虽然责备惠世扬的言辞过于激烈，但面对方从哲的多次请辞，始终采取了安抚和挽留的态度。即便在张泼、袁化中、王允成等人继续弹劾方从哲的情况下，皇帝仍旧置若罔闻。直到当年冬天，给事中程注再度弹劾方从哲，方从哲感到形势不容乐观，遂极力请求离职，连续六次上奏请辞。
最终，皇帝任命方从哲为中极殿大学士，赏赐银币和蟒衣，并派遣行人护送他返回故乡，以此结束了方从哲在朝中长达数年的辅政生涯。
七、晚年
方从哲的晚年并不平静，尤其是在天启二年（1622年），礼部尚书孙慎行对红丸案的重新审视，将他推向了舆论的风口浪尖。孙慎行严厉指责方从哲在红丸案中扮演的角色，认为他是谋害君王的逆贼，要求朝廷彻查此事。这一指控引发了朝野的广泛关注，皇帝诏令朝廷大臣进行审议，而都御史邹元标则公开表示支持孙慎行的观点。
面对严峻的指责，方从哲上奏辩解，甚至主动请求削夺官阶，发配边疆，显示出他愿意承担后果的决心。[3]然而，皇帝的安抚之词并未能平息朝中的争论。给事中魏大中催促九卿尽快做出决议，而多数朝廷大臣倾向于认同孙慎行对方从哲的定罪，仅有少数官员如黄克缵、王志道、徐景濂以及汪庆为方从哲辩护，詹事公鼐则保持中立。
大学士韩爌在此关键时刻，向朝廷陈明了红丸案的前后经过，试图为方从哲解脱。吏部尚书张问达与户部尚书汪应蛟随后联合上奏，认为在紧急情况下，辅臣们探视病重的皇帝，实难有心怀弑逆之念，但同时也承认李可灼非医官，用药尝试导致先帝驾崩，方从哲等人未能制止，确有失职之责。
最终，李可灼被遣往边疆戍边，崔文升则被贬至南京，而方从哲