本人未受到法律制裁。不久后，孙慎行因病离职，红丸案的后续影响似乎得以平息。然而，天启五年（1625年），魏忠贤利用《三朝要典》打击异己，不仅撤销了对李可灼的处罚，还重新启用崔文升，这导致了一批要求严惩方从哲的人士遭到贬谪或杀害。
方从哲在这一系列事件中，始终保持低调，即使魏忠贤党羽徐大化请求启用他，他也坚决不出仕。[8]直到崇祯元年（1628年）二月，方从哲逝世，享年六十六岁。[9]死后，他被追赠为太傅，谥号“文端”，这一荣誉性的称号在某种程度上反映了官方对方从哲学问与品行的认可，尽管他在生前因红丸案等事件饱受争议。