叶向高深知福王留京对太子地位的潜在威胁，因此他上疏力争，指出若福王不及时回封国，将有损皇室信誉，且会重蹈明世宗时景王未归封国的覆辙，当时裕王（即后来的明穆宗）处境险恶。面对神宗的辩解，叶向高强调了太子与神宗之间情感沟通的重要性，呼吁神宗坚守诺言，确保福王按时归藩，以安民心。
四、善于决断
叶向高在处理重大事件时展现出的果断和智慧，尤其体现在王曰乾事件中。锦衣百户王曰乾，一名京城的奸猾之徒，与孔学、赵宗舜、赵思圣等人相互攻讦，事情尚未在刑官处定论，他就擅自闯入皇城，使用火炮引起轩然大波，并直接向皇帝递上奏疏。这起事件不仅令刑官震惊，甚至惊动了明神宗，王曰乾在奏疏中指控郑贵妃的内侍姜严山、孔学及王三诏等人使用巫术诅咒皇太后和皇太子，意图拥立福王。神宗对此感到震惊和愤怒，质问为何内阁首辅叶向高没有及时处理此事。
叶向高临危不乱，迅速上疏，分析了事件性质与处理策略。他指出，此事件与之前的妖书案相似，但不同之处在于此次事件的当事人皆可查证，只需依法审讯即可查明真相。他建议神宗保持冷静，避免过度反应，以免引发朝野动荡。关于王曰乾的指控牵涉到贵妃和福王，叶向高认为这纯属恶意诽谤，主张将王曰乾的奏疏扣留，同时命令司法部门追查所有涉案奸人，尽快确定福王归藩的日期，以此来平息舆论，稳定局势。神宗听取了叶向高的建议，太子和福王得以避免进一步的宫廷纷争。
此外，叶向高在处理福王归藩的问题上也展现了其政治手腕。面对郑贵妃试图以庆祝太后七十大寿为由挽留福王，叶向高巧妙地提出提前为太后举行寿礼，同时坚持福王按原计划归藩，以平衡各方利益。他拒绝了神宗要求宣布挽留福王诏书的命令，指出此举将加剧外界的猜疑和恐慌，最终说服神宗收回成命，确保了福王顺利回到封国，避免了一场可能的宫廷风波。
叶向高不仅在紧急情况下表现出色，他还多次上疏神宗，直指当时国家面临的深层次问题，包括人才匮乏、君臣隔阂、官员争斗、横征暴敛、道德沦丧等。他恳请神宗振作精神，任用贤臣，革新政治，否则国家危亡并非来自外敌，而是内部的腐败与混乱。尽管叶向高的言论真诚恳切，但神宗