并未采纳其建议，甚至对叶向高的多次辞职请求也置之不理，仅以诏书勉励挽留。
在万历四十年（1612年），叶向高再次呼吁神宗，鉴于历代帝王在位超过四十年者寥寥无几，应借此机会大力推行新政，选拔人才。然而，神宗依然没有响应，叶向高每月请求辞职，神宗虽多次挽留，但对叶向高的核心诉求始终视而不见。叶向高担忧国家官僚体系的空洞化，各地灾荒频发，以及朝廷与民间的隔阂日益加深，他反复强调用人之道的重要性，警告神宗如继续闭门自守，恐将招致无法挽回的灾难。
五、辞官归乡
叶向高在晚年时，健康状况每况愈下，但即便是在病榻之上，他仍旧坚持履行内阁首辅的职责，这在当时被视为一种非常态的行政方式。在病重期间，叶向高不得不在家中草拟奏章和诏书，这一行为持续了一个月之久。然而，随着病情的加重，叶向高意识到在家中处理公务的做法并不符合朝廷的体制，他开始感到不安，于是提出了坚决的辞职请求，希望神宗能够同意他卸任，以便有新的阁臣接替他的位置，确保朝廷的正常运转。
尽管叶向高的健康状况令人担忧，神宗却并未立即批准他的辞职申请，反而派遣鸿胪官前往叶向高的住处，以示慰问并劝他继续留任。直到神宗万寿节时，叶向高的身体状况有所好转，他才重新回到工作岗位，继续处理朝政。在这段时间，叶向高主持了癸丑年的会试，这本是一个常规的考试活动，但由于当时官员的奏章都堆积到了考场，这一情景反而成为了一桩罕见的奇闻，反映出当时朝政的混乱状态。
在叶向高的任期内，神宗考核选拔了大量科道官员，但任命通知却迟迟未下达，叶向高数十次上疏催促，最终经过两年的等待，任命才得以落实。然而，新官上任后，朝廷内部的攻击和争斗也随之增加，神宗对此颇为不满，开始扣留奏章，不再下发。面对这种情况，叶向高请求将这些奏章转交给相关部门，以确定官员的去留问题。他指出，缺乏足够的高级官员，特别是六卿中只剩赵焕一人在位，以及长达十年都御史的职位空缺，导致了监督机制的失效，这严重影响了朝廷的稳定和人心的安定。
叶向高屡次上疏请求增加内阁成员，前后共有一百多份奏章，神宗最终在万历四十二年（