1614年）任用了方从哲、吴道南两位阁臣。叶向高在得知这一消息后，上疏表示感谢，同时也再次提出了辞职请求，但神宗下诏对他进行了嘉奖，并拒绝了他的辞职。
到了同年二月，皇太后驾崩，三月，福王返回封国，叶向高认为这可能是自己辞官归乡的合适时机，于是他更加频繁地提出辞职请求，前后提交了十余份奏章。终于，在八月，神宗批准了叶向高的辞职。叶向高在内阁任职期间，由于政绩显着，被多次晋升，包括太子太保、文渊阁大学士、少保兼太子太保、户部尚书、武英殿大学士、少傅兼太子太傅、吏部尚书、建极殿大学士等。在他离职之际，神宗下诏加封他为少师兼太子太师，赏赐白金百两、彩帛四件、表里大红坐蟒一件，并派遣使者护送他回乡，以彰显他对国家的贡献和皇帝对他的尊崇。
六、调和党争
叶向高在担任内阁首辅期间，面对晚明政坛上日益激烈的党争，他试图扮演一个调停者的角色，力图调解各大臣之间的矛盾，以求政治局面的稳定。然而，晚明时期党争的根深蒂固，使得叶向高的努力显得尤为艰难。当时，御史郑继芳与给事中王元翰之间的冲突，引发了朝堂上两大阵营的对立，叶向高提议将双方的奏疏下发给部院，通过公正的评判来裁定是非，以期平息争端。然而，神宗并未采纳他的建议，这导致了党派之争的进一步升级。
不久，围绕李三才的争议又引发了新一轮的党派斗争。李三才在朝中颇有影响力，而无锡的顾宪成在东林书院讲学，吸引了一批朝臣的支持。顾宪成在李三才遭受攻击时，积极为其辩护，这使得原本就错综复杂的党争格局变得更加微妙。在万历三十九年（1611年）的京官考察中，攻击李三才的刘国缙和乔应甲分别因过失和年例被处理，这一事件成为了党争的导火索，叶向高在此过程中秉持公心，力求公正，使得考核官吏的大典得以顺利完成，但未能从根本上缓解两派之间的对立。
随着时间的推移，齐、楚、浙三大派系的势力逐渐壮大，它们与东林党之间的矛盾也日益尖锐，最终演变成为了一场激烈的政治斗争。天启年间，魏忠贤掌权后，王绍徽等人撰写的《东林点将录》成为打击东林党人的工具，这份名单罗列了许多被视为东林党人的官员，叶向高因其曾经的