换取暂时和平的声音，还直接指责沈惟敬等人是“乡曲无赖”，认为他们提出的加封丰臣秀吉为王的建议实则是卖国之举。朱国祚的这种态度，无疑需要极大的勇气，尤其是在朝中不乏有声望的大臣主张和解的情况下。
丰臣秀吉于万历二十六年（1598年）去世，这对日本的军事行动造成了重大影响，也为朝鲜的反攻提供了机会。此时，朱国祚因其在抗倭援朝中的坚定立场和贡献，被提升为礼部右侍郎，后又代理尚书之职。这一时期的朱国祚，不仅在军事援助方面发挥了重要作用，还在国家治理层面展现了他的才能。
在担任要职期间，朱国祚多次上书，提出了多项旨在稳定国内局势的政策建议。他强调必须安定民心，认为这是国家抵御外侮的基础；同时，他还主张改善狱政，清理冤狱，以公平公正的司法来增强民众对政府的信任。这些措施在当时被视为非常重要的稳定国内秩序的手段，也是对抗外敌入侵不可或缺的内部支撑。
三、内忧外患，退隐归田
朱国祚在明末政坛上的直言与正直，虽然赢得了朝野的尊敬，但也使他成为了某些朝臣的眼中钉。在经历了抗倭援朝的风浪之后，朱国祚的仕途遭遇了意想不到的挫折。万历后期，朝中风气渐趋腐败，一些官员利用各种手段排挤异己，维护自己的权力和利益。
在这样的背景下，御史汤兆京对朱国祚发起了弹劾，指控他“纵酒逾检”，即生活放纵，违反了官员应有的道德规范。这一指控看似针对个人行为，实则暗含政治斗争的意味。在当时的政治氛围中，任何可以用来攻击对手的借口都不会被轻易放过。朱国祚的直言和刚正不阿，使得他成为了某些人急于清除的对象。
面对这样的局面，朱国祚选择了主动退让，他引咎辞职，回到了家乡吴江，开始了长达十八年的隐居生活。虽然离开了政治中心，但朱国祚的心从未真正离开过国家大事。在家乡的日子里，他仍然密切关注着朝政的动向，对国家的未来充满担忧。这段退隐归田的生活，对朱国祚而言既是无奈的选择，也是对个人操守的坚持。
在这段时间里，朱国祚的生活变得异常低调，他远离了京城的繁华与喧嚣，过上了与世无争的日子。他将精力投入到读书、写作以及与亲友的交流中，同时