同年七月，御史吴达对其提出弹劾，引发了一场政坛风波，但具体细节及处理结果并未详述于此。尽管遭受弹劾，冯铨在清廷的官位并未受到影响，反而在顺治六年（1649年）加官进爵，被封为少傅兼太子太傅。
顺治七年（1650年）十二月，多尔衮去世，清廷内部权力格局发生剧变。顺治帝亲政后，满洲贵族中的反多尔衮派掌握大权。顺治八年（1651年）二月，清廷开始对中央各部的汉官进行审查甄别，这一举措旨在清除多尔衮的余党，并整顿朝纲。在审查过程中，冯铨首当其冲，顺治帝历数其罪状，包括被吴达等人弹劾的罪名以及过去七年的所作所为，认为冯铨“殊失大臣之体”，最终命令其致仕，即退休。
五、效忠顺治
顺治十年（1653年），冯铨的命运出现了转机。三月二十一日，顺治帝发布诏书，以“冯铨原无显过，且博洽故典，谙练政事，朕方求贤图治，特命起用，以观自新”为由，命令吏部通知冯铨迅速前往京城。三月二十七日，顺治帝亲自召见冯铨，表达了对他的关切与重视。当日傍晚，冯铨与几位大学士一同被召入宫中，顺治帝谈及翰林官的才干问题，认为只需亲自考核，即可判断文采的高低。在此场合，冯铨巧妙地提出：“皇上选拔人才，不应只看重文章，南人汉官文章华丽但往往不善实务，满人虽文章逊色但办事效率高。”冯铨的这番言论，既迎合了顺治帝对满汉官员差异的看法，又间接贬低了南方汉官，尤其是被弹劾过的陈名夏和陈之遴，二人均来自江浙地区。顺治帝对冯铨的观点表示赞同，次日便恢复了冯铨的官职，重新任命他为弘文院大学士。
冯铨复出后，继续在清廷中发挥影响力。顺治十二年（1655年），他被加封为少师兼太子太师，与大学士洪承畴一同建议恢复明朝的票拟制度，又与大学士谢升等人共同议定了郊社、宗庙的乐章。尽管期间多次受到言官的弹劾，冯铨的地位并未受到根本动摇，甚至在罢官后不久便再度复出。
顺治十三年（1656年），鉴于冯铨年事已高，清廷加封他为太保，准许其退休，但仍将其留在朝廷中作为顾问，以备咨询。这一安排体现了顺治帝对冯铨经验和智慧的重视。随后，冯铨经过皇帝的允许，返回了原籍涿州。
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