在一系列的调查中，熊廷弼确认了赵楫和李成梁的失地事实，指责他们丧权辱国，要求严惩。然而，皇帝的反应却并不积极，此事最终未能得到应有的处理，反映出当时中央对边疆危机的忽视。
在辽东的一年中，熊廷弼不仅关注军事防御，也介入了地方军事行动的决策。他对于杜松将军的边疆行动持保留态度，但在公开场合维护了军队的士气，私下则对杜松的不当行为进行了揭露。当拱兔部落发起报复，造成大胜堡惨案时，熊廷弼严厉批评杜松，促使他被罢免，显示了熊廷弼在处理复杂军事政治问题上的果断与智慧。
更为重要的是，熊廷弼深刻意识到辽东边防的脆弱性和努尔哈赤崛起的潜在威胁，他多次上疏，呼吁朝廷加强辽东的军事建设，提出“蚤发内帑”的建议，以应对可能的危机。皇帝虽未立即采取全面措施，但同意拨款三十万两白银用于辽东的兵备整顿，这在一定程度上缓解了辽东的紧迫形势。
熊廷弼在辽东的巡按，不仅整顿了边防纪律，提升了边疆军队的战斗力，更对后世留下了深远的影响。他敏锐的政治洞察力和坚定的改革决心，使得辽东地区的军事态势得到了一定程度的改善，也为后来抵御努尔哈赤的侵扰奠定了基础。
三、首次沉浮
熊廷弼在辽东的功绩引来了朝廷的注意，其威望和能力令朝中许多人瞩目，以至于有人提议直接任命他为辽东巡抚，但熊廷弼谦逊地推辞了这一重任。万历三十九年，他被调任提督南直隶学政，这次调动背后有着复杂的党派考量，旨在避免熊廷弼进入权力中心。然而，熊廷弼的到来，给南直隶的学界带来了剧烈的变革。他以刚正不阿的态度，整顿学风，鼓励务实学问，对那些沉迷于形式主义的士子进行了严厉的批评与纠正。这种雷厉风行的作风，虽然赢得了部分寒门学子的拥戴，但也触怒了当地的权贵阶层，尤其是东林党人，他们视熊廷弼的举措为对其势力的直接挑衅。
在熊廷弼的治理下，南直隶的士风逐渐转向务实，但这也引发了一系列的矛盾与冲突。最为人所知的便是与梅宣祚、汤宾尹等人的纠葛，以及后续的芮永缙事件。熊廷弼对梅宣祚家族的不当行为进行严惩，体现了他铁腕治学的决心。然而，这一事件最终演变成一场政治风暴，荆养乔在离职前对