熊廷弼的弹劾，将他推向了舆论的风口浪尖。尽管调查证实熊廷弼并无不当之处，但此事依然影响了他的仕途，使他被迫离开官场，回到家乡。
熊廷弼在家乡的几年间，远离了政治的喧嚣，专注于民生事务，如修桥筑堤，过着一种半隐居的生活。直至万历四十六年，努尔哈赤起兵，辽东局势再度恶化，熊廷弼的名字重新被提及。尽管杨镐试图阻止熊廷弼的复出，但萨尔浒之战的惨败，使得朝野上下一致呼吁起用熊廷弼。万历四十七年，熊廷弼终于被任命为大理寺左寺丞兼河南道监察御史，负责安抚辽东军民。不久之后，随着开原的陷落，熊廷弼被正式任命为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，经略辽东，承担起了挽救辽东危局的重任。
四、临危受命
万历四十七年，熊廷弼临危受命，肩负起挽救辽东危局的重任。当他带着尚方宝剑奔赴辽东时，铁岭已经陷落，局势异常严峻。沿途所见的辽东军民向西逃散，熊廷弼立即采取措施，派遣使者劝阻，稳定人心。到达辽阳后，他果断地逮捕了企图携家眷逃离的前知州李尚浩，要求富户将家眷迁回城内，此举有效稳定了民心。
面对辽东军力薄弱，火药稀缺的困境，熊廷弼采取了一系列强硬措施，包括处决逃将和贪将，设立祭坛哀悼阵亡将士，亲自前往沈阳部署防御。然而，辽东军队的战斗力令人担忧，沈阳守军在得知北关陷落后，纷纷逃离，熊廷弼审时度势，采纳了“并沈保辽”的策略，集中兵力守卫辽阳，调整了沈阳的防御部署。
在努尔哈赤攻击沈阳时，熊廷弼亲临前线督战，虽然明军在蒲河所遭遇败绩，但最终守住了沈阳城，这场战役虽小，却让熊廷弼看到了士兵勇气的复苏。他在守辽东的一年中，不断催促朝廷增派援军和粮饷，但进展缓慢，这让性急的熊廷弼倍感焦急，他直言不讳地批评朝中大臣的不作为，甚至质问是否还有人关心辽东的存亡。
熊廷弼的直言激怒了朝中某些人，尤其是神宗驾崩后，弹劾之声四起。太常寺少卿姚宗文首先发难，指责熊廷弼应对后金骚扰的不当和管理上的失误。随后，明熹宗即位，对熊廷弼的批评和弹劾继续升级，御史顾慥和冯三元接连上疏，列举了熊廷弼的诸多罪状。最终，吏部尚书周嘉谟等官员决定罢免熊廷弼，他于万历