管崇祯帝对周延儒进行了庇护，但吴桥兵变的发生，让周延儒被指责为祸首，舆论压力进一步加大。
温体仁通过其控制的吏部尚书闵洪学，将过错推卸给周延儒，使得朝中官员纷纷转向温体仁。周延儒的亲信开始反击，尤其是兵部员外郎华允诚，直接指控温体仁与闵洪学勾结，排除异己。崇祯帝采取了平衡措施，既处罚了华允诚，又批准闵洪学休假，同时对周延儒和温体仁的避世做法表示不满。
随后，周延儒与温体仁的争斗升级，双方互有攻讦。周延儒利用亲信陈于泰攻击温体仁，而温体仁则唆使宣府太监王坤弹劾陈于泰，进而牵扯到周延儒。周延儒被迫自请辞职，但被崇祯帝挽留。然而，当刑科都给事中陈赞化揭露周延儒招权纳贿，尤其是对原内阁首辅李标说可以影响崇祯帝旨意，称崇祯帝为“羲皇上人”时，周延儒陷入了前所未有的危机。
崇祯帝对此事极为重视，追问详情。在无可抵赖的情况下，周延儒于崇祯六年（1633年）六月被迫辞职，回到了家乡宜兴。周延儒试图通过推荐他人来制约温体仁，但最终未能成功，温体仁顺利接替他成为内阁首辅，标志着周温倾轧的阶段性胜利，也昭示了周延儒政治生涯的重大转折。
四、再任首辅
周延儒的再次复出，是在崇祯十四年（1641年），彼时的明朝已陷入内外交困的局面。内有农民起义的烽火蔓延，外有满清的虎视眈眈，朝野上下人心惶惶。温体仁倒台后，其亲信张至发、薛国观相继接任首辅，但局势并未好转。复社成员吴昌时，作为周延儒的门生，与复社领袖张溥联手，耗费巨资结交崇祯帝身边的宦官，如曹化淳、王裕民、王之心等，意图推动周延儒重返政坛。与此同时，崇祯帝也有意再次起用这位曾被罢黜的首辅。
九月十二日，周延儒与贺逢圣一同进京，次日便得到崇祯帝的召见，随即官复原职，出任内阁首辅。在赴京途中，周延儒曾对门生杨士聪坦言，自己深知复出必致祸，但出于责任与使命，他不敢不来。这番话语，既透露了周延儒内心的忧虑，也反映了他对国家大事的担当。
周延儒复出后，迅速着手实施了一系列改革措施，包括释放漕粮白粮欠户、减免积年拖欠赋税、减轻兵灾岁荒地区的田赋负担、宽宥轻罪犯人