强调，若不允和谈，夏季秋季将有所行动。杨嗣昌极力促请崇祯帝抓住机会进行和谈，但皇帝仅命令方一藻、高起潜“细酌”。
杨嗣昌的议和主张公开后，朝中掀起轩然大波，众多大臣猛烈抨击，其中以少詹事黄道周最为激烈。表面上，黄道周反对杨嗣昌“夺情入阁”，实质上是反对与清议和。崇祯帝于七月召集众臣于平台，令杨嗣昌与黄道周当面对质。黄道周从纲常伦理出发，指责杨嗣昌忠孝两亏，杨嗣昌则反击黄道周曾为“杖母烝妾”的郑鄤辩护，称黄道周自认“不如郑鄤”，即不如禽兽。最终，崇祯帝偏向杨嗣昌，贬斥了黄道周等反对者。
然而，尽管杨嗣昌躲过了弹劾，崇祯帝因群臣的反对，未对和谈给予明确支持，导致与清的议和停滞。皇太极见状，于同年九月发动大规模入侵，即戊寅之变。明廷内部政见不一，杨嗣昌、高起潜与总督卢象昇之间协调不力，卢象昇最终在巨鹿贾庄战死，数十座城池相继失守，近五十万民众被俘。次年三月，清军撤退，事后追究责任时，杨嗣昌虽遭弹劾，但崇祯帝依然庇护他，感叹议和之事几近成功，却被“几个黄口书生”所误，导致了不可挽回的后果。
五、南下督师
崇祯十二年（1639年），随着戊寅之变的发生，明朝的内外局势急剧恶化。杨嗣昌原本的和谈计划和“十面张网”战略均告失败，农民军的死灰复燃，尤其是张献忠在谷城的再次起兵，使整个中原地区重新陷入战火。杨嗣昌承受了巨大的舆论压力，不仅朝中言官要求追究其责任，他自己也多次上书请求辞职。然而，崇祯帝仅以贬斥言官和暂时降职的方式回应，不久又恢复了杨嗣昌的官职。面对内外交困的局面，杨嗣昌推荐傅宗龙接任兵部尚书，而自己则主动请缨，于同年八月二十五日被授予督师之职，负责平定农民军，以尚方宝剑象征皇帝的权威。
在崇祯帝的饯行仪式上，杨嗣昌被赋诗鼓励，随后带着沉重的心情离开京城，前往湖广襄阳设立行营。在那里，他迅速组织兵力，准备对张献忠的农民军进行围剿。崇祯十三年（1640年）二月，杨嗣昌麾下的左良玉在川东玛瑙山大败张献忠，取得了初步胜利，俘获了张献忠的妻妾和军师，这一消息令崇祯帝大为振奋，不仅嘉奖了左良玉，还亲笔致信慰勉杨嗣昌。