要员频繁通信，筹划行动。与此同时，崇祯帝也与辅臣及兵部尚书秘密讨论东江事宜，气氛对毛文龙不利。
毛文龙的处境因两次擅自进入登州而雪上加霜，引发地方动荡，遭到山东总兵杨国栋的弹劾。毛文龙虽试图辩解，但崇祯帝仅要求他“竭力图功”，并未完全采信其说辞。袁崇焕的禁海改道令更是激怒了毛文龙，后者上书抗议，担心这将导致东江兵变。袁崇焕派遣徐琏解释禁令，毛文龙同意会面，双方约定在旅顺口的双岛详谈。
崇祯二年（1629年）六月初，袁崇焕与毛文龙在双岛会晤，会谈数日后，袁崇焕突然宣布奉密旨行事，指控毛文龙十二大罪，包括专制、欺君、侵吞军饷、私通外商等，随即下令斩首。毛文龙的死亡震惊了东江部众，袁崇焕安抚军心，安排陈继盛暂管东江事务，将东江军分为四协，稳定局势。
袁崇焕向崇祯帝报告了毛文龙的罪行及处置情况，崇祯帝虽对消息感到惊讶，但出于对袁崇焕的信任，给予了嘉奖。然而，袁崇焕的行动在朝野引起恐慌，因为毛文龙虽有争议，但其对后金的防御作用不可忽视。同年冬天，后金军入塞逼近京师，袁崇焕在入援途中被崇祯帝逮捕，最终以“谋款斩帅”等罪名被处以凌迟，但毛文龙的死并未得到平反。
毛文龙的旧部周文煌及养子毛承禄先后上疏请求恤典和平反，但崇祯帝坚持毛文龙“历年糜饷，牵制无功”的评价，仅允许家属领回遗骨。
结语
毛文龙的故事，如同一首未完的史诗，留给后人无尽的思考。在历史的长河中，每一位英雄都有其独特的光彩与阴影，毛文龙也不例外。他的生平，不仅反映了个人的抱负与局限，更映射出了一个时代的风云变幻。