犹豫和分歧，无疑给叛军提供了喘息之机，孔有德趁机广纳旧部，连同驻守皮岛的明将陈友德等三千人也加入了叛军，增强了叛军的实力。
面对叛军的攻势，莱州城内的守军在徐从治、谢琏以及知府朱万年的带领下，备足粮草，加固城防，坚守数月。尽管城中资源几近耗尽，但他们拒绝开城投降。明军援兵邓圮、王洪虽已抵达莱州附近，却因朝廷招抚的政策而驻足不前，希望孔有德能够归顺。孔有德利用这一机会，加大了对莱州的攻击力度。巡抚徐从治在城楼上指挥作战时不幸中炮身亡，但他的牺牲进一步激发了莱州军民的斗志，他们誓死守城，即便在极度困难的情况下，也未放弃抵抗，展现出了极强的韧性和忠贞。
四、背明投金
崇祯五年（1632年）至崇祯六年（1633年）期间，孔有德与耿仲明的叛乱经历了从试图与明朝议和到最终投靠后金的重大转折。在莱州围困数月后，孔有德采取了缓兵之计，表示愿意接受招安，以此迷惑明朝官员。然而，当谢琏与朱万年等官员出城谈判时，孔有德突袭，企图一举攻下莱州，但未遂。明军随即集结重兵围剿，孔有德退回登州，面对明军的重重围困，形势愈发严峻。
崇祯六年（1633年），孔有德意识到登州已难以固守，于二月率领近万名叛军突围，弃城登船逃往海上。原本计划夺取旅顺作为根据地，但在黄龙的阻击下，孔有德遭受重创，只能逃至盖州，最终做出了背明投金的决定。孔有德在给后金的降书中表达了对明朝腐败的失望以及对后金领袖皇太极的敬仰，提出携数万兵马、百余艘战船以及全套火炮装备，愿与后金联手，共同对抗明朝。
孔有德与耿仲明于崇祯六年（1633年）四月率部在鸭绿江口与后金军队会合，正式归顺。皇太极对孔有德的到来给予了极高礼遇，不仅亲自率众迎接，还保留了他的都元帅称号，赐予“天佑兵”的称号，使其在后金军中自成一军，享受特殊优待。孔有德带来的红夷大炮和航海技术，极大地增强了后金的军事实力，特别是在旅顺的攻占中发挥了关键作用。
崇祯九年（清崇德元年，1636年），孔有德在皇太极称帝时被封为恭顺王，并作为汉官代表参与劝进仪式。随后，孔有德在清军对朝鲜的征服中充当急先锋