祖大寿在宁远的驻守过程中，曾有一次因未遵从孙承宗的命令出塞招抚蒙古各部而差点面临军法处置。然而，这次事件在宁前道袁崇焕的求情下得以化解，从此祖大寿对袁崇焕心怀感激，这份恩情在之后的岁月中发挥了重要作用。实际上，孙承宗此举更多是一种策略性的警告，而非真心要惩处祖大寿，这也体现了当时高层将领在管理下属时的智慧与手腕。
天启六年（1626年），宁远城迎来了它的首次严峻考验。努尔哈赤亲自率军攻打宁远，祖大寿在袁崇焕的指挥下，参与了这场保卫战。他准确地判断出明军不宜与后金军在野外正面交锋，主张采取固守城池的战略，这一建议得到了多数将领的支持，并最终被袁崇焕采纳。在宁远之战中，祖大寿负责守卫南城，凭借坚固的防御工事和有效的火力配置，明军成功击退了后金的进攻，取得了宁远大捷。这场胜利极大地提升了明军的士气，也稳固了宁远作为东北边防重镇的地位。
翌年五月，皇太极再度率军来袭，目标转向锦州。袁崇焕迅速调遣祖大寿与尤世禄，率领四千精兵驰援锦州。尽管在途中遭遇后金大军，被迫撤回宁远，但祖大寿与满桂领导的明军在宁远城外再次与后金军展开激战，最终迫使后金军撤退，成就了宁锦大捷。这些胜利不仅巩固了关宁锦防线，也为祖大寿赢得了崇高的荣誉和晋升，他先后获得了升职和奖赏。
崇祯元年（1628年），皇太极试图通过书信与明廷沟通，祖大寿对此保持警惕，将信件上报朝廷，展现了他对于国家安全的高度责任感。同年内，他被调任为前锋总兵官，挂征虏前将军印，驻守在关宁锦防线的最前沿——锦州，成为抵御后金、收复辽东的重要力量。
四、回援关内
己巳之变（1629年）的发生，标志着后金对明朝腹地的直接威胁达到了一个新的高度。当皇太极率军绕过宁锦防线，从蓟州边外突入长城以内，直逼北京，整个明朝朝野为之震动。在这危急时刻，袁崇焕与祖大寿迅速做出反应，率领关宁军驰援京城。祖大寿建议直接奔向蓟州，以保护北京，这一策略得到了袁崇焕的认可。随后，祖大寿在广渠门外与后金军展开了激烈的战斗，成功将其击退，展现了关宁军的强大战斗力。
然而，正当战事稍有缓和