之时，一场政坛风暴悄然降临。在与崇祯帝的第二次召见中，袁崇焕突然被捕，这一突发事件令在场的祖大寿感到震惊和恐慌。随后，祖大寿与何可纲率领一万五千名关宁军东返，名义上是出关作战，实则因对朝廷的不满和对袁崇焕命运的担忧而返回关外。这一举动引发了朝廷的忧虑，新任督师孙承宗派遣总兵马世龙带着圣旨和尚方剑前来劝说，祖大寿提出了自己的条件，要求赦免袁崇焕、惩治奸臣并补给军饷，否则拒绝返回。在经历了妻子或母亲的劝告、袁崇焕狱中书信的激励以及马世龙的招抚后，祖大寿最终接旨，于十二月十八日抵达锦州，约定领兵西援。
崇祯三年（1630年），在孙承宗的盛情迎接下，祖大寿率军进入山海关，准备再次投入战斗。面对后金的挑衅，祖大寿斩使焚书，坚决拒绝了后金的和谈企图，展现了他不屈的斗志。在孛罗岭的激战中，祖大寿麾下的将领们再次击败了后金军，为关宁军赢得了关内军民的信任。随后，崇祯帝发帑银犒师，升祖大寿为太子太保，孙承宗更以“壮烈忠肝”四字制成金匾，悬挂在祖大寿的厅堂之上，以表彰他的功绩。
在经过充分的准备后，孙承宗命令祖大寿出兵收复被后金占领的遵化、永平、迁安、滦州四城。五月，祖大寿誓师出征，与多位总兵会师于滦州城下，经过激战，明军终于在五月十二日取得了胜利，后金军在大雨中溃逃，明军趁机追击，斩首众多，取得了遵永大捷。阿敏在得知明军收复滦州后，匆忙撤离永平、迁安，祖大寿与马世龙奉命追击，各斩首级99颗，彻底收复了四城。这场胜利不仅重创了后金的士气，也极大提升了明军的信心。
随后，崇祯帝对祖大寿的表现给予了高度肯定，加封他为少傅，允许他以提督体统行事，并恩准其子为锦衣卫指挥同知。同年十二月，祖大寿在军政考核中因“素着劳勋，正资防剿”而被留任辽东前锋总兵官，不得辞职。
五、大凌降金
崇祯四年（1631年），祖大寿的命运迎来了一次重大转折。彼时，明廷计划恢复广宁右屯卫，祖大寿奉命前往大凌河城主持筑城工程，旨在为收复失地奠定基础。然而，这一举动引起了皇太极的警觉，他迅速集结兵力，于七月二十一日出发，直扑大凌河城。八月初六日，后金大军到达城