官军数量较少，且分散防守，粮食和军饷补给困难。农民军骑兵速度快，一天之内可以行军数百里，而官军以步兵为主，行军速度慢，长途跋涉后疲惫不堪，因此官军普遍存在畏敌心理。
在怀庆的时候，左良玉与当地督抚的意见不合，这使得他心中产生了私心，不再全力追击农民军，而是开始收留投降的将领以扩充自己的势力。督抚用文书征调他的军队时，左良玉也不按时响应，显示出他逐渐变得骄横自恣的迹象。
到了十二月，在磁山与农民军相遇时，左良玉与其部下与农民军发生了多次大规模的战斗。这些战斗异常激烈，左良玉率领的军队追击农民军超过了一百多里。虽然左良玉在战斗中表现出了一定的军事才能，但由于他与督抚之间的矛盾和个人野心的增长，导致他未能全力以赴地对抗农民军，从而为后来的局势埋下了隐患。
五、屡战闯军
崇祯八年（1635年）正月，农民军在颍州发动攻势，破坏了凤阳的皇陵。在农民军攻占鹿邑、柘城、宁陵、通许等地时，左良玉驻军许州，未能及时前往救援。四月，督师洪承畴驻扎汝州，命令各位将领分地拦截农民军。尤世威把守洛南，陈永福控制卢氏、永宁两地，邓玘、尤翟文、张应昌、许成名在湖广阻击农民军。考虑到吴村、瓦屋是内乡、淅川的战略要地，左良玉被命令与汤九州一同带领五千人扼守。
不久，邓玘因士兵哗变而死，曹文诏在陕西征讨农民军时也在真宁兵败身亡。农民军的气势愈发高涨，他们越过卢氏，直逼永宁。巡抚元默被捕还未离任时，命令左良玉从内乡与陈治邦、马良文一起前去援助卢氏。八月，左良玉在鄢城击败农民军。九月，左良玉追击农民军至郏县的神篨山。农民军的营地绵延数十里，采用轮换作战的方式消耗明军的体力，左良玉意识到形势不利，决定撤回兵力，停止了战斗。农民军随后进攻密县，左良玉从郏县出兵援救，迫使农民军撤离。十月，左良玉抵达灵宝，与辽东总兵官祖宽的军队联合，在涧口、焦村歼灭农民军。十一月，李自成离开朱阳关，张献忠长期占据灵宝，闯王高迎祥也与他联手。左良玉与祖宽在灵宝阻截，但未能抵挡住农民军的强大攻势，导致陕州失陷。农民军接着向东进攻洛阳，左良玉与祖宽跟随巡抚陈必谦解救洛阳，