月，熊文灿进攻郧阳、襄阳两地的农民军，斩获两千首级。十二月，河南巡抚常道立派遣左良玉前往陕州。农民军趁卢氏守备空虚，逃往内乡、淅川两地。这个月，许州发生兵变，左良玉的家眷安置在许州，在兵变中遭到杀害。
崇祯十三年（1640年），督军杨嗣昌推荐左良玉，称其具有“大将之才，兵亦可用”，任命他为平贼将军。之后，在川陕交界的平利一带与张献忠遭遇，张献忠大败，其妻妾被俘，农民军的重要人物也被杀。左良玉因此被加封为太子少保。尽管杨嗣昌任命左良玉为平贼将军，但仍觉得此人难以驾驭。除了督师约束左良玉外，他还暗许贺人龙可以在适当时候取代左良玉的职位。正当贺人龙跃跃欲试急于取代左良玉的时候，左良玉在玛瑙山与农民军交锋中，大破农民军。杨嗣昌对贺人龙说，关于任命的事以后再说。贺人龙因此怀恨在心，并将此事告诉了左良玉。左良玉记恨在心，于是在川陕一战中，杨嗣昌命令左良玉堵截农民军时，左良玉袖手旁观。尽管杨嗣昌多次下令，左良玉仍然置之不理。由于左良玉未参与战斗，张献忠从容出川攻打襄阳，农民军大胜，杨嗣昌因此气愤至极，最终汤水不进而亡。崇祯十四年（1641年），左良玉被削职，戴罪立功自赎。
崇祯十五年（1642年），督师侯恂拨款五十万犒赏左良玉的部下。左良玉与李自成在朱仙镇会战，结果左良玉大败，退至襄阳。在开封再次交战时，左良玉不敢迎战。李自成随后攻打襄阳，左良玉撤退至武昌。在武昌，左良玉向楚王索要兵员和粮饷，但都没有得到补给，于是开始掠夺武昌，包括漕粮盐舶。到达九江后，左良玉拥兵二十万，采取观望自保的态度。后来，张献忠攻克武昌，朝廷严厉命令左良玉出兵。左良玉这才出战，大败立足未稳的张献忠，收复了汉阳。待张献忠进入四川后，左良玉出兵收复武昌。
七、进爵为侯
崇祯十七年（1644年）三月，随着北京被李自成攻陷的消息传来，明廷面临着前所未有的危机。为了稳定局势，朝廷下诏封左良玉为宁南伯，并授予他的儿子左梦庚平贼将军的大印，承诺大功告成后让他们父子世代把守武昌。此外，朝廷还命令给事中左懋第顺路经过时督促左良玉出兵作战。左良玉于是制定了详细的出兵计划，并