张献忠的部队从湖北进入河南，再进入陕西，由商洛打回关中。张献忠转战千里，忽东忽西，选择官军的薄弱环节，打破了官军在中原围歼农民军的战略计划。张献忠回到关中后，与高迎祥在凤翔会合。在陕西，张献忠的部队与明朝兵部尚书洪承畴统率的官军进行了几次激烈的战斗，洪承畴手下的大将艾万年、曹文诏等人都被农民军斩杀，官军遭受了惨重的损失。农民军随即转而直插河南，继续展开攻势。
四、暂受招抚
崇祯九年（1636年）初，农民军已经发展壮大到几十万人，在河南会合时，常连营百里，而张献忠的部队就有十万人以上。同年九月，闯王高迎祥在战斗中遇伏被俘，并被凌迟处死。李自成等大部转战于潼关以西地区，而张献忠的部队则成为潼关以东地区官军攻击的主要目标。张献忠的部队在鄂、豫、皖等地辗转作战，多次打败官军。尤其是在攻进河南时，一举占领了许州，并杀了左良玉的哥哥。次年三月，在安庆家店的战斗中，张献忠的部队又击毙了明将潘可大等人。
然而，由于流民军各部缺乏统一部署和协同行动，每部各自为战，到了崇祯十一年（1638年）春，各路农民军均连遭挫折。特别是崇祯十年（1637年）四月，明朝兵部尚书、内阁大学士杨嗣昌策划了“四正”、“六隅”、“十面张网”的围剿战略，李自成在陕西遭到几次失败，刘国能等也在河南归顺朝廷，这些情况都给张献忠的队伍带来了巨大的困难。
张献忠在进袭南阳的战斗中被左良玉的军队击败，本人也受伤，幸亏被部下孙可望力救脱险，随后带着部队退居谷城（今属湖北）。在官军的强大攻势下，为了保存实力，张献忠在谷城、罗汝才在郧阳，分别接受了兵部尚书熊文灿的“招抚”。受“招抚”后，张献忠拒绝接受改编和调遣，不接受官衔，保持了自己的独立性。他将四万人的部队分布在总部谷城的四周，分为四个营地，每个营地设一名大将率领。在休整期间，张献忠积极集草屯粮，打造军器，招兵买马，训练士卒。此外，他还经常请人给他讲解《孙子兵法》，并结合战例，总结经验和教训，等待时机再次崛起。
五、再举义旗
崇祯十二年（1639年）五月，张献忠在谷城重举义旗，迅速打垮了守备谷