后来闻名的天然和尚曾起莘。一行人拜访了良师道独，这位高僧警告熊文灿不要简单地将对付海盗的成功经验套用在镇压起义军上，尤其是对降将的信任要谨慎。这番忠告，预示着熊文灿即将面临的复杂局面。
1637年11月，熊文灿抵达位于安庆的行辕，准备展开镇压农民起义的行动。他请求为随行的广东籍士兵配备马匹，但朝廷却调拨了左良玉麾下的六千骑兵给他，这在一定程度上打乱了他的部署。左良玉的干预使得熊文灿不得不遣返了随行的广东士兵，他们最终回到了熊文灿的家乡蕲水，参与了当地的防御战斗，直到几年后才返回广东。
1638年初，熊文灿的职责进一步扩大，他被赋予总领十二万兵力，麾下有十位巡抚的支持。锦衣卫的数千官兵在宦官刘元斌的带领下加入到了围剿起义军的行列。计划是将分散的小股起义军诱入湖广北部和河南南部，集中力量予以歼灭。这场战役耗费了大量资源，朝廷为此追加了巨额的剿饷。
然而，熊文灿在执行任务时显得犹豫不决，他倾向于采用和平手段而非武力解决起义问题。在安庆，他散发通告，承诺对投诚的起义军予以宽恕。1638年2月，起义军首领刘国能率部归降，随后更多起义军响应。正当熊文灿面临因未能如期平叛而受罚之际，张献忠——起义军中最具影响力的领袖之一——开始接触政府，讨论投诚事宜。这给熊文灿带来了转机，他的政策似乎开始见效，得到了朝中盟友杨嗣昌以及崇祯帝的认同和支持。
四、获罪身死
熊文灿原本设想通过招抚张献忠，利用其影响力来稳定局势，然而他的决策却成为日后动荡的伏笔。他不仅允许张献忠继续领导其部众，还将他们安置在谷城作为屯军，甚至从中选拔精锐编入官军。然而，这一安排在缺乏有效监管的情况下，为张献忠积蓄力量提供了温床。熊文灿本人则驻扎在襄阳，距离谷城不远，但显然未能预见此举可能带来的后果。
1638年10月，龙在田率领的滇军在双沟取得重大胜利，迫使起义军残部逃往河南山区。此时，罗汝才也开始考虑向朝廷归顺，形势看似一片大好。然而，清兵的入侵打断了这一进程，导致左良玉的精兵被紧急调往北方，为起义军提供了短暂的喘息机会。左良玉在1639