年4月取得的胜利并未能阻止张献忠的复燃野心，后者在6月突然袭击谷城，杀害地方官员并大肆劫掠。罗汝才等部随之归附张献忠，仅刘国能一人坚守对朝廷的忠诚。
8月末，左良玉在追击张献忠时遭遇惨败，熊文灿因此事被解职，等待杨嗣昌接替其职务。同年11月，熊文灿在北京被捕受审，尽管有好友姚明恭在内阁的地位，却无力挽回其命运。崇祯十三年（1640年）九月二十六日，熊文灿被处以极刑，结束了其充满争议的一生。
张献忠在1643年初攻占蕲水，报复性地屠杀熊文灿家族，唯独熊文灿的长子熊曰绘幸存，一度避难于郑芝龙处。熊文灿的悲剧性结局，不仅是个人命运的转折，也折射出晚明政局的动荡与复杂，以及招抚政策在执行过程中所面临的重重困难。
结语
熊文灿的一生，是明末复杂政治局势的见证。他的经历提醒我们，即使在最动荡的时代，个人的抉择和行动也会对国家和民族的命运产生深远的影响。在评价历史人物时，我们应全面考量其时代背景和个人局限，避免简单的道德判断，力求客观公正。