军弹尽粮绝，面对清军的强大攻势，南京即将沦陷。此时，朱由崧还在宫中与爱妃饮酒作乐，直到危机迫在眉睫，他才急忙召集大臣商议对策。然而，那些平时只会阿谀奉承的奸臣此时却一言不发。
顺治二年（弘光元年，1645年）五月十五日，清兵进入南京，包括魏国公徐文爵、保国公朱国弼、灵璧侯汤国祚、定远侯邓文郁，以及尚书钱谦益、大臣赵之龙、大学士王铎、都御史唐世济在内的许多官员剃发降清。
随着南京的陷落，朱由崧的处境更加危急。清军攻克南京后，豫王多铎命令降将刘良佐带领清军追击朱由崧。面对众叛亲离的局面，朱由崧只好带着爱妃逃往芜湖。然而，清军紧追不舍，很快追到了芜湖。
五月二十二日，总兵田雄、马得功、丘钺、张杰、黄名、陈献策等人突然冲上朱由崧乘坐的御舟，劫持了他，将其献给了清军。豫王多铎下令除去朱由崧身上的锁链，用红绳捆绑起来。五月二十五日，朱由崧被迫乘坐一辆没有车幔的小轿进入南京聚宝门。他头戴黑色的僧侣头巾，身穿蓝色布袍，用一把 油 纸 扇 遮住脸庞，两位妃子则骑着驴跟在他后面。沿途的百姓对朱由崧唾骂不断，有人甚至向他投掷瓦砾。多铎在灵璧侯府设宴，让朱由崧坐在“北来太子”王之明之下。宴会结束后，朱由崧被拘留在江宁县署。
五、被杀
顺治二年（弘光元年，1645年）闰六月，隆武帝朱聿键即位于福州，并遥尊朱由崧为圣安皇帝。然而，朱由崧的命运并未因此而有所改变。当年九月，朱由崧与皇太后邹氏、潞王朱常淓等人被押解至北京，并被安置居住。
在北京期间，清太医院在节日时会向朱由崧馈赠宴席，而朱由崧似乎也沉浸于这种表面的待遇之中，常常酣饮极乐，仿佛忘却了自己的困境。这种态度可能是因为他已经意识到自己的命运不可逆转，或者是一种对现实的逃避。
顺治三年（隆武二年，1646年）四月九日，有人向摄政王多尔衮进言，称在京居住的故明衡王、荆王欲起兵反清。这一消息引起了清朝统治者的高度警惕。五月，朱由崧与潞王朱常淓、荆王朱慈煃、德王朱由栎、衡王朱由棷以及“太子”王之明等十七人被斩首于菜市口（一说朱由崧是以弓弦勒毙而死），年仅