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天命十一年（1626年）八月十一日，努尔哈赤去世，汗位空缺近二十日。按照努尔哈赤生前的规定，应由八和硕贝勒共同推举嗣君。当时，代善和皇太极是最有可能的候选人，但双方僵持不下。五年前的阿敦事件中，代善与皇太极的关系一度紧张，几乎水火不容。
努尔哈赤去世后，代善的长子岳讬和三子萨哈璘向代善建议：“国不可一日无君，应当尽快确定新的领导者。四贝勒（皇太极）才德出众，深受先帝的信任，大家都愿意拥戴他，应该让他尽快继位。”在诸贝勒大臣会议上，代善首先提议拥戴皇太极，其他贝勒也纷纷表示赞同。因此，皇太极顺利即位为汗，并与其他三大贝勒并坐。
代善在皇太极即位后重新活跃起来。当年十月，他挂帅出征蒙古扎鲁特部，杀贝勒鄂尔寨图，并生擒贝勒巴克等十四人。十一月四日，代善凯旋回师，皇太极亲自带领诸贝勒大臣到铁岭樊河迎接。
天聪元年（1627年）五月，代善随皇太极出征锦州、宁远。当皇太极打算迎战宁远城外的明军满桂部队时，代善与其他两大贝勒极力反对，但皇太极为了洗刷父亲在宁远战败的耻辱，坚持作战，结果后金军损失惨重，被迫撤军。
天聪三年（1629年）十月，皇太极决定西征明朝。当行至喀喇沁的青城时，代善与莽古尔泰以过于冒险为由反对攻明，但代善之子岳讬带头支持皇太极，最终代善和其他贝勒被迫服从。随后，代善紧跟皇太极，一路进至北京城下，于德胜门外击败满桂所率明军，并在永定门外击败明军，杀死明侍郎刘之纶。第二年二月，代善随皇太极出塞返回沈阳。
天聪五年（1631年）八月，代善参与了大凌河之战，并取得胜利。在此期间，莽古尔泰在皇太极面前表现出不敬的态度，甚至露出刀刃。凯旋沈阳后不久，莽古尔泰被褫夺和硕贝勒之位。同年，皇太极通过礼部参政李伯龙的奏请，解决了并坐的问题，代善顺势发言表示愿意让皇太极独坐，自己和莽古尔泰侍坐于侧。从那时起，皇太极在元旦朝贺时独坐中央，代善则坐在右侧的特殊位置，成为定制。
五、屡遭敲打
代善虽然表面上顺从皇太极，但随着皇太极逐渐巩固自己的权力，兄弟之间的关系变得紧张。天聪