九年（1635年）七月，察哈尔部林丹汗的遗孀归顺后金，皇太极安排代善娶林丹汗的大福晋娜木钟。代善拒绝了这个安排，表示娜木钟虽然地位尊贵但没有足够的财富，他希望娶另一位大福晋苏泰太后。然而，苏泰太后已经被许配给了刚丧偶的济尔哈朗，皇太极多次派人劝说代善娶娜木钟，但代善最终没有接受。娜木钟最终成为皇太极的妃子（懿靖大贵妃）。
同年九月，皇太极将林丹汗的另一位遗孀伯奇福晋赐给了豪格。豪格的妻子是皇太极姐姐莽古济的女儿，这让莽古济感到不满。当莽古济经过代善营地时，代善邀请她入内，并设宴款待，赠送财物，并派马送她回去。这件事被皇太极知晓后引发了极大的愤怒。
二十五日，皇太极召集诸贝勒大臣会议，公开指责代善轻视君主，并列举了一系列代善的罪状：在征伐明朝时违背众贝勒意愿欲中途撤军，在征察哈尔时也表现出类似的固执态度；赏罚不公，偏袒本旗；喜欢皇太极厌恶的人，讨厌皇太极喜欢的人，这些都是在离间君臣关系。皇太极命诸贝勒、大臣审议代善的罪行，他们最终提出了四条罪状，并建议处罚代善。皇太极只处罚了银两、马匹和甲胄。这是代善第一次受到皇太极的敲打。
同年晚些时候，皇太极命令诸贝勒各自发誓修身，但他认为代善年事已高，只有几年的寿命，不应该写誓言。代善坚持要写下誓言，最终写下了一篇效忠皇太极的誓言。
天聪十年（1636年）四月五日，代善带领众贝勒大臣向皇太极劝进。四月十一日，皇太极正式称帝，改元崇德，建国号大清。四月二十三日，皇太极册封代善为和硕礼亲王。同年十二月，代善随皇太极出征朝鲜。
崇德二年（1637年）六月二十七日，从朝鲜凯旋后，皇太极命令追论征朝鲜时诸王大臣违反军纪的行为。法司给代善定了六条罪状，并建议处罚。最终，皇太极赦免了代善及其他犯法的诸王。
同年七月五日，皇太极再次公开批评代善，指出自己对代善极为敬爱，但代善的行为多有错谬。皇太极举出了代善的一些过于卑微的行为，如无端鞭打自己的儿子瓦克达，徒步从泥泞中返回，亲自牵马和带坐垫而不是携带侍从来见自己等，认为这是代善在表达对皇太极的不满。皇太极告诫代善必须