予他“巴图鲁”的称号。
不久之后，在对萨克察的战役中，额亦都率领军队接连攻下克尼玛兰城、章家城、索尔瑚寨。在一次战斗中，界藩城发生了一起盗马事件，盗贼科什偷走了建州的九匹马。额亦都单骑追击，最终斩杀了科什，将马匹全部夺回。此外，他还处理了嘉木瑚人贝挥巴颜的叛乱问题，将叛乱者及其家人全部处决。
1593年，叶赫、乌拉、哈达等九部联军进犯建州，进攻黑济格城。努尔哈赤亲自指挥，部署兵力进行防御，并命令额亦都率领一百骑兵出击。额亦都在战斗中力斩九人，击退了敌军，并生擒了叶赫的贝勒布寨，随后趁势夺取了诺赛寨和兆佳村。同年稍后，纳殷路首领搜稳塞克什再次集结兵力，据守佛多和山。额亦都与噶盖、安费扬古合力攻破佛多和山，斩杀了搜稳塞克什。
1599年，额亦都跟随努尔哈赤平定了哈达部。1607年，他随贝勒巴雅喇征讨东海女真渥集部，夺取了席黑、俄漠和苏鲁、佛讷赫拖克索等地，并很快又参与了辉发部的灭亡。
1610年，额亦都奉命安抚渥集部的那木都鲁、绥分、宁古塔、尼玛察四路，并成功招降了康古礼等十九人，随后又夺取了雅揽路。1611年，额亦都与何和礼、扈尔汉一起征伐渥集部虎尔哈路，攻克了札库塔城。1613年，他又随军平定了乌达部。
三、大败明军
1615年，努尔哈赤创建了八旗制度，这一举措不仅加强了后金军队的组织结构，也为后来的大清帝国奠定了军事和社会制度的基础。额亦都作为努尔哈赤最为信赖的将领之一，被编入镶黄旗，这标志着他在努尔哈赤心中的地位更加稳固。
1616年，努尔哈赤正式称汗，建立了后金政权，并任命额亦都、费英东、何和礼、扈尔汉、安费扬古为五大臣，共同治理国家。这五人不仅在军事上有着卓越的才能，而且在政治决策上也有着举足轻重的地位。
1617年，额亦都与安费扬古率领军队攻打明朝，先后夺取了马根单、花豹冲、三岔儿等要塞。这些胜利进一步扩大了后金的疆域，并削弱了明朝在东北地区的控制力。
1619年，明朝辽东经略杨镐派遣大军进攻后金，意图一举消灭这个新兴的政权。努尔哈赤命