称帝后，随即展开了一系列军事行动。同年十一月十九日，他以朝鲜背叛盟约为由，决定发兵讨伐朝鲜。朝鲜国王李倧预见到即将到来的战争，寄希望于明朝的援助，但最终未能得到实质性的支持。清军于十二月十日渡过鸭绿江，十三日抵达安州，来势汹汹。1637年正月初七日，清军战胜了朝鲜全罗、忠清两道的援军，李倧被迫逃往南汉山城，并在此“势穷情迫”之下称臣请罪。皇太极要求朝鲜严惩引发冲突的大臣，并命令清军攻入江华岛，俘获了朝鲜王妃、王子及内阁大臣等人。二月初二日，皇太极从朝鲜班师回朝。这次军事行动不仅使朝鲜成为清朝的藩属国，也解除了清朝攻陷关内的后顾之忧。
在对明朝的军事行动中，皇太极因山海关的阻隔，采取了入口之战和关外之战相结合的战略。在崇德年间，清军共发动了三次入口之战，分别是丙子之变、戊寅之变和壬午之变。每次作战都会分出一部分兵力在关外以牵制明朝军队。1636年五月，皇太极派遣阿济格等人出战，这是第一次入口之战，清军俘获了大量人畜，并生擒了明朝总兵巢丕昌。
1639年三月，清军渡过运河，攻破山东济南府，俘获了二十五万余人口，并在四月凯旋。然而，清军在这次战役中也遭受了重大损失，扬威大将军岳讬不幸在军中去世。这些军事行动使得明朝皇帝不得不宣布京师戒严，并将主要力量转向抗清战场，即便这意味着暂时放松对农民军的围剿。
六、奠定基业
1640年，皇太极开始了他一生中最为关键的一系列军事行动之一——松锦大战。这场战役不仅对清朝未来的扩张至关重要，也是明朝走向衰落的重要转折点。
1640年三月，清军开始修筑义州城，为接下来的松锦大战做准备。这一次，皇太极决定不再分兵入塞，而是集中全力对付明朝在关外的最后一道防线。1641年八月，当松锦大战的局势变得危急时，皇太极不顾自己的健康状况，亲自率领军队前往松山前线。他的出现极大地鼓舞了清军士气。皇太极指挥清军自乌忻河南至海边，沿路驻营，设置重重埋伏，确保了对明朝军队的全面包围。
1641年二月十八日，清军成功攻入松山，生擒明朝将领洪承畴。三月初八日，锦州城内的祖大寿在被围困一