从摄政王多尔衮在山海关之战中大败李自成的大顺军。同年十月，顺治帝在北京登基，封阿济格为和硕英亲王，序称“八王”。随后，他被任命为靖远大将军，率领平西王吴三桂、智顺王尚可喜等满、蒙、汉军共约3万余人，从山西进入陕西，追击李自成。
顺治二年（1645年）二月，阿济格在陕西境内取得了连续八次的胜利，攻克了四座城池，并迫使三十八座城池投降。李自成亲自率领大军十三万和湖广四府所属各州县原设守军七万，声言欲取南京，水陆并进。阿济格率水陆两军紧随其后，追击于邓州、承天府、德安府、武昌、富池口、桑家口、九江等处，十三战皆大捷。在追击过程中，阿济格对投降者采取安抚政策，对抵抗者则加以诛杀，穷追至李自成的老营，连续攻破，李自成仅带着二十名步兵逃脱，最终窜入九宫山。阿济格俘获了赵侯左光先、军师宋献策等，并斩杀了李自成的两位叔父及汝侯刘宗敏。
明宁南侯左良玉的儿子左梦庚逮捕了总督袁继咸、守道李犹龙、巡抚黄澍，率12名总兵、十万马步兵及十万艘船只投降。清军相继占领了河南、湖广、江西、江南的63座城池。清廷得知后，派遣使者携带诏书慰问阿济格，并命令他班师回朝。但在诏书尚未到达之前，阿济格就已经提前班师，于八月四日回到京城。多尔衮开始清算阿济格的过错，包括未经诏令班师、谎报李自成死亡、在午门张盖坐、胁迫宣府巡抚李鉴释放被逮捕问罪的赤城道朱寿鍪、擅自取用鄂尔多斯和土默特的马匹以及称顺治帝为“孺子”等。阿济格因此被贬为英郡王，但不久之后又恢复了亲王的爵位。
顺治五年（1648年）七月，阿济格被封为平西将军，出兵镇压天津、山东曹县一带的抗清队伍。十一月，喀尔喀二楚呼尔行猎接近边界，阿济格奉命出驻大同。十二月，大同总兵姜镶得知清军即将到达，产生了疑虑，于是倒戈反清，总督耿焞逃往阳和，附近十二座城池响应姜镶起兵反叛。阿济格闻变，星夜驰往大同围困该城，顺治帝任命阿济格为平西大将军，率都统巴颜等会征姜镶。
顺治六年（1649年）正月，姜镶的部将刘迁进犯代州，占据了外城，章京爱松古、游击高得胜以及蒙古兵都被困。阿济格派遣博洛前去救援，最终解围。三月，阿济格得知