，玉林琇请求返回，福临赐给他黄色僧衣和金印，并派遣官员护送他回去。福临还命令使者召玉林琇的弟子茆溪行森来京。福临又封憨璞为“明觉禅师”。由于憨璞的推荐，福临在玉林琇离京前一个月，即顺治十六年闰三月，派遣使者前往浙江宁波天童寺召请龙池派另一位名僧木陈忞进京。
同年七月，茆溪行森应召到达京城。福临在万善殿接见了茆溪行森，问答佛法的过程中，福临对茆溪行森的回答赞不绝口。
顺治十七年（1660年）八月十九日，福临深爱的董鄂妃病逝于承乾宫，这给福临带来了巨大的悲痛。政治上的压力和内心的苦闷促使福临再次产生了出家的念头。大约在九月至十月间，福临决心出家，并由茆溪森为他剃度。十月十五日，茆溪森的本师玉林通琇禅师奉诏来到京城，得知茆溪森已经为顺治帝剃度，十分愤怒，准备烧死茆溪森。玉林琇劝说顺治帝：“如果按照尘世之法来看，您应该永远坐在皇位上，既能安抚圣母皇太后的心，也能使百姓安居乐业；如果按照出世之法来看，您也应该永久做帝王，对外可以保护佛法，对内能住一切大权菩萨智所住处。”顺治帝听从了他的谏议，同意蓄发，暂时放弃了出家的想法。茆溪森也因此免于被烧死，并当月离开了京城回到南方。尽管福临没有出家，但佛教思想已经深深影响了他。
五、染疾去世
顺治十八年（1661年）正月初二日，顺治帝安排内监吴良辅出家为僧。不久之后，顺治帝感染天花，病情迅速恶化。他意识到自己的病情严重，可能无法支撑太久。正月初六日深夜，顺治帝紧急召见礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙及原内阁学士麻勒吉进入养心殿，口授遗诏。
王熙和麻勒吉二人退至乾清门下西围屏内，开始根据顺治帝的指示撰写遗诏。他们花费了一整天的时间来撰写这份重要的文件，期间共三次呈给顺治帝审阅，顺治帝三次亲自修改，直到初七日晚上才最终确定下来。
正月初七日，顺治帝在养心殿逝世，终年二十四岁。顺治帝去世后，麻勒吉及侍卫贾卜嘉二人手捧遗诏去奏知皇太后，并立即向诸王贝勒、贝子、公大臣及侍卫等人宣布顺治帝的逝世消息和遗诏内容。
遗诏中，顺治帝立八岁的皇三子爱新觉罗·玄烨为皇太