朱由崧到达南京后，先拜访了孝陵和奉先殿，随后居住在内守备府。大臣们纷纷前来朝见朱由崧，朱由崧想要回避，但被史可法劝说应当接受朝见。朝见后，史可法提出朱由崧应该身穿孝服，居住在郊外，并发兵北征，以彰显其报国复仇的决心。朱由崧表示同意。
次日，大臣们再次讨论朱由崧是否应该监国。张慎言认为国家不可一日无主，福王应该即位。史可法提出太子生死不明，如果太子出现会如何处理。刘孔昭则坚决支持福王即位，而史可法建议稍后再做决定。最终，朱由崧被确立为监国。
在推选内阁大臣时，史可法、高弘图和姜曰广被一致推荐。刘孔昭想要加入内阁，但被其他大臣以本朝无勋臣入阁的先例所阻。刘孔昭提议让马士英加入内阁，最终，马士英也被推举为内阁大臣。接着，他们讨论填补其他重要职位的候选人，郑三俊、刘宗周、徐石麒被推选为候选。
两天后，史可法被任命为礼部尚书兼东阁大学士，与马士英、高弘图一同被启用。史可法继续负责兵部事务，而马士英则继续督军镇守凤阳。为了稳定局势，他们参照北京的旧制，重建了京军制度，将侍卫部队和锦衣卫各军纳入军队进行操练。同时，减少了锦衣卫东西两司房和南北两都的抚司官的数量，以避免过多的告密行为，从而稳定人心。
四、调解诸将
马士英一心想要成为首辅大臣。当他得知朝廷的任命后感到非常不满，于是将史可法之前列出的朱由崧不应该即位的七个理由提交给了朱由崧。随后，马士英带领军队入宫觐见朱由崧，递交了奏章后便离开了。史可法意识到朝中权力斗争的复杂性，于是请求统帅军队，外出镇守淮安、扬州两地。五月十五日，朱由崧在武英殿即位，宣布次年为弘光元年。史可法入朝辞别，被加封为太子太保，改任兵部尚书、武英殿大学士。马士英也在同一天入朝值班，讨论将江北地区划分为四个军事镇守区，分别由四位将军统领。具体分配如下：
东平伯刘泽清管辖淮、海等地，驻军泗水，负责管理开、归一带。
总兵官刘良佐统辖凤、寿等地，驻扎在临淮，负责管理陈、杞一带。
靖南伯黄得功统辖滁、和等地，驻军庐州，负责管理光州、固始一带。